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Forterre, Patrick

Overview
Works: 29 works in 48 publications in 3 languages and 453 library holdings
Roles: Author, Thesis advisor, Interviewee, Opponent, Scientific advisor, 956
Publication Timeline
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Most widely held works by Patrick Forterre
Microbes from hell by Patrick Forterre( Book )

13 editions published between 2007 and 2017 in English and French and held by 402 WorldCat member libraries worldwide

At the close of the 1970s, the two-domain classification scheme long used by most biologists -- prokaryotes versus eukaryotes -- was upended by the discovery of an entirely new group of organisms: archaea. Initially thought to be bacteria, these single-celled microbes -- many of which were first found in seemingly unlivable habitats like the volcanic hot springs of Yellowstone National Park -- were in fact so different at molecular and genetic levels as to constitute a separate, third domain beside bacteria and eukaryotes. Their discovery sparked a conceptual revolution in our understanding of the evolution of life, and Patrick Forterre was -- and still is -- at the vanguard of this revolution. In Microbes from Hell, one of the world’s leading experts on archaea and hyperthermophiles, or organisms that have evolved to flourish in extreme temperatures, offers a colorful, engaging account of this taxonomic upheaval. Blending tales of his own search for thermophiles with discussions of both the physiological challenges thermophiles face and the unique adaptations they have evolved to live in high-temperature environments, Forterre illuminates our developing understanding of the relationship between archaea and the rest of Earth’s organisms. From biotech applications to the latest discoveries in thermophile research, from microbiomes to the communities of organisms that dwell on deep-sea vents, Forterre’s exploration of life-forms that seem to thrive at the mouth of hell provides a glimpse into the early days of Earth, offering deep insight into what life may have looked like in the extreme environments of our planet’s dawn. -- Provided by publisher
De l'inerte au vivant : une enquête scientifique et philosophique by Patrick Forterre( Book )

2 editions published between 2013 and 2014 in French and held by 7 WorldCat member libraries worldwide

Nouvelles questions et hypothèses sur l'origine et l'évolution des génomes( Visual )

2 editions published between 2008 and 2009 in French and held by 5 WorldCat member libraries worldwide

La vie à haute température by Laurent Maget( Visual )

2 editions published in 1997 in French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

"En 1969, Thomas Brock a montré par ses travaux que des micro-organismes peuvent vivre à des températures avoisinant et même dépassant 100°C. Ces bactéries thermophiles prolifèrent au voisinage des sources chaudes terrestres et sous-marines. Yves Fouquet, géologue à l'IFREMER, décrit les phénomènes tectoniques à l'origine des sources hydrothermales. Celles-ci sont très nombreuses en Islande du fait de l'activité volcanique de l'île et le docteur Jacob Kristjansson en étudie la microfaune. Daniel Prieur, microbiologiste au CNRS à la station biologique de Roscoff (Finistère), relate la mission Microsmoke (novembre et décembre 1995) qui a pu atteindre les fosses les plus profondes de l'Océan Atlantique (Fosse aux Serpents à 3500 m au-dessous du niveau de la mer) grâce au Nautile, engin d'exploration de l'IFREMER. Les sources chaudes sous-marines forment progressivement des cheminées poreuses à l'intérieur desquelles se développent les bactéries thermophiles. Grâce aux bras télécommandés du Nautile, les scientifiques peuvent prélever des échantillons de fluide hydrothermal et des morceaux de cheminées qui sont ensuite analysés en laboratoire. Les chercheurs ont ainsi constaté que ces micro-organismes ont développé des structures moléculaires très particulières pour leurs protéines et leurs acides nucléiques afin de résister aux pressions et températures élevées de leur environnement, ainsi que l'explique Patrick Forterre, microbiologiste à l'Université d'Orsay. Les bactéries thermophiles sont peut-être une des premières formes de vie apparues sur terre et leur résistance exceptionnelle permet aux chercheurs d'explorer les conditions extrêmes pour lesquelles la vie est encore possible." (résumé CNRS)
Viruses : origin, evolution and biodiversity( Book )

1 edition published in 2003 in English and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

L'homme à l'égal de Dieu?( Visual )

3 editions published in 2000 in Undetermined and French and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

ETUDE DES ADN POLYMERASES CHEZ LES ARCHAEBACTERIES by ABDELLAH HAMAL( Book )

1 edition published in 1991 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

UNE ADN POLYMERASE THERMOPHILE A ETE PURIFIEE A HOMOGENEITE CHEZ L'ARCHAEBACTERIE THERMOPLASMA ACIDOPHILUM. L'ANALYSE DE L'ADN POLYMERASE PURIFIEE SUR GEL DE POLYACRYLAMIDE EN CONDITIONS DENATURANTES REVELE QU'ELLE CORRESPOND A POLYPEPTIDE DE 588 KDA QUI CO-SEDIMENTE AVEC L'ACTIVITE ADN POLYMERASE SUR GRADIENT DE SACCHAROSE. LA COMBINAISON DE LA SEDIMENTATION ET DU GEL FILTRATION ONT PERMIS DE CONCLURE QUE L'ADN POLYMERASE PURIFIEE EST UNE ENZYME MONOMERIQUE CONSTITUEE D'UN UNIQUE POLYPEPTIDE DE 88 KDA. CETTE ADN POLYMERASE EST RESISTANTE A L'APHIDICOLINE, PEU SENSIBLE AU DDTTP ET INHIBEE PAR LE NEM LORSQU'ELLE EST PREALABLEMENT PRE-INCUBEE A HAUTE TEMPERATURE. L'ADN POLYMERASE PURIFIEE CHEZ T. ACIDOPHILUM POSSEDE UNE ACTIVITE EXONUCLEASE 35 ASSOCIEE QUI EST STIMULEE EN PRESENCE DU MANGANESE; LES DEUX ACTIVITES ADN POLYMERASE ET EXONUCLEASE SONT OPTIMALES A 65C MAIS L'ACTIVITE EXONUCLEASE EST BEAUCOUP PLUS THERMOSTABLE QUE L'ACTIVITE ADN POLYMERASE. PAR LA SUITE, ON A MIS EN EVIDENCE UNE ACTIVITE EXONUCLEASE 35 MANGANESE-DEPENDANTE ASSOCIEE A L'ADN POLYMERASE PURIFIEE CHEZ S. ACIDOCALDARIUS. CE RESULTAT A ETE CONFIRME PAR LA CO-PRECIPITATION DE L'ACTIVITE EXONUCLEASE AVEC L'ACTIVITE ADN POLYMERASE, ET SA NEUTRALISATION PAR DES ANTICORPS ANTI-ADN POLYMERASE PURIFIES. L'ANALYSE DES EXTRAITS BRUTS DE DIFFERENTES ARCHAEBACTERIES, PAR LA TECHNIQUE D'IMMUNOTRANSFERT, EN PRESENCE D'ANTICORPS PREPARES CONTRE L'ADN POLYMERASE CHEZ S. ACIDOCALDARIUS NOUS A PERMIS DE MONTRER QU'UNE ADN POLYMERASE APPARENTEE A CELLE DE S. ACIDOCALDARIUS EXISTE CHEZ D'AUTRES ARCHAEBACTERIES. ON A DETECTE D'AUTRES ACTIVITES ADN POLYMERASE DANS DIFFERENTS EXTRAITS BRUTS D'ARCHAEBACTERIES; CES ACTIVITES SONT PLUS THERMOSTABLES CHEZ LES HYPERTHERMOPHILES QUE CHEZ LES SULFOLOBALES. ENFIN, DANS L'EXTRAIT BRUT D'ARCHAEGLOBUS, L'ACTIVITE ADN POLYMERASE EST INHIBEE A 50% EN PRESENCE DE 100 M D'APHIDICOL
CLONAGE, ANALYSE DES GENES D'ADN POLYMERASES ET DES INTEINES D'ISOLATS DE LA FAMILLE DES THERMOCOCCALES. APPLICATIONS TAXONOMIQUES ET BIOTECHNOLOGIQUES by Joël Quérellou( Book )

1 edition published in 1999 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

UNE DIZAINE D'ISOLATS ARCHAEBACTERIENS ONT ETE SELECTIONNES DANS LE CADRE D'UN PROGRAMME DE RECHERCHE SUR LES ADN POLYMERASES THERMOSTABLES. UNE BREVE SYNTHESE SUR LES GENRES PYROCOCCUS ET THERMOCOCCUS EST SUIVIE D'UN RAPPEL SUR LES ADN POLYMERASES THERMOSTABLES ET SUR LES INTEINES CORRESPONDANTES. LES ISOLATS RETENUS SONT PYROCOCCUS ABYSSI, P. SP. GE23, P. GLYCOVORANS, P. SP. AL646, P. ST700 AINSI QUE THERMOCOCCUS FUMICOLANS, T. HYDROTHERMALIS, T. SP. GE8 ET T. SP. GE20. LA STRATEGIE D'OBTENTION DES SEQUENCES DES GENES DES ADN POLYMERASES REPOSE SUR LE CLONAGE DE TOUT OU PARTIE DES GENES D'INTERET ET SUR UNE METHODE DE MARCHE SUR LE CHROMOSOME. LES SEQUENCES DES GENES D'ADNR 16S DES ISOLATS CORRESPONDANTS ONT ETE OBTENUES A PARTIR DE PRODUITS RESULTANT DE CLONAGE OU DE PCR. LES SEQUENCES DE SIX ADN POLYMERASES ONT ETE OBTENUES (P. ABYSSI, P. SP. GE23, T. FUMICOLANS ; P. GLYCOVORANS, P. SP. AL646 ET T. SP. GE8) AINSI QUE TROIS SEQUENCES PARTIELLES (P. SP. ST700, T. HYDROTHERMALIS ET T. CHITONOPHAGUS). L'ANALYSE COMPAREE DES SEQUENCES D'ADNR 16S, DES ADN POLYMERASES ET LES INFERENCES PHYLOGENETIQUES QUI PEUVENT EN ETRE DEDUITES, METTENT EN EVIDENCE UNE CONVERGENCE DES RESULTATS. IL EST PROPOSE DE RECLASSER DEUX AUTRES ISOLATS ANTERIEUREMENT DECRITS. AINSI T. CHITONOPHAGUS EST A RECLASSER DANS LE GENRE PYROCOCCUS ET P. KODAKARAENSIS DANS LE GENRE THERMOCOCCUS. LES GENES DES ADN POLYMERASES DES ISOLATS CONSIDERES DU GENRE THERMOCOCCUS SONT MORCELES ET COMPORTENT DES SEQUENCES CODANT POUR DES INTEINES. LES PROPRIETES ORIGINALES DE THERMOSTABILITE DES ADN POLYMERASES ISSUES DU GENRE PYROCOCCUS ONT PU ETRE EXPLOITEES EN PCR INVERSE A HAUTE TEMPERATURE (HT-IPCR). CELLE DE P. ABYSSI SE REVELE PARTICULIEREMENT EFFICACE JUSQU'A DES TEMPERATURES DE 85\C. L'APTITUDE DE PLUSIEURS DE CES ADN POLYMERASES RECOMBINANTES A PU ETRE TESTEE EN PCR. TROIS DE CES ENZYMES SONT COMMERCIALISES
Recherche des systemes de reparation de l'adn chez deux archaea hyperthermophiles du genre pyrococcus by EMMANUELLE GERARD( Book )

1 edition published in 1999 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

NOUS NOUS SOMMES INTERESSES A LA REPARATION DE L'ADN CHEZ DES ARCHAEA HYPERTHERMOPHILES. EN EFFET, ALORS QUE CES ORGANISMES SE DEVELOPPENT A DES TEMPERATURES PROCHES DE 100\C POUVANT PROVOQUER DE NOMBREUSES LESIONS DANS LEUR GENOME, LEURS MECANISMES DE REPARATION DE L'ADN SONT TRES PEU CONNUS. AU COURS DE CETTE ETUDE NOUS AVONS TOUT D'ABORD MIS EN EVIDENCE, CHEZ L'ARCHAEON HYPERTHERMOPHILE PYROCOCCUS AL 585, UN GENE HOMOLOGUE A MIND IMPLIQUE DANS LA DIVISION CELLULAIRE CHEZ ESCHERICHIA COLI. UNE ETUDE PHYLOGENETIQUE DE CE GENE A REVELE QU'IL EST PRESENT UNIQUEMENT CHEZ LES PROCARYOTES ET QUE LA PROTEINE MIND DOIT AVOIR UN ROLE PLUS GENERAL QU'UNE INTERACTION AVEC LES PROTEINES MINC ET MINE POUR LE PLACEMENT CORRECT DU SEPTUM DE DIVISION. NOUS AVONS ENSUITE RECHERCHE SI DES PROTEINES ETAIENT INDUITES PAR LES RAYONS GAMMA OU L'EAU OXYGENEE CHEZ DEUX ARCHAEA DONT LES GENOMES SONT ENTIEREMENT SEQUENCES : PYROCOCCUS FURIOSUS ET PYROCOCCUS ABYSSI. NOUS AVONS POUR CELA UTILISE LA TECHNIQUE D'ELECTROPHORESE BIDIMENSIONNELLE DE PROTEINES. NOUS AVONS PU VERIFIER L'EXTREME RESISTANCE DE P. FURIOSUS AUX RAYONS GAMMA ET METTRE EN EVIDENCE UNE RADIORESISTANCE AUSSI IMPORTANTE CHEZ P. ABYSSI. CES ORGANISMES SONT EN EFFET ENVIRON 12 FOIS PLUS RADIORESISTANTS QU'E. COLI. QUATRE PROTEINES SEMBLENT INDUITES APRES IRRADIATION GAMMA CHEZ P. FURIOSUS. CHEZ P. ABYSSI, IL N'A PAS ETE POSSIBLE DE METTRE EN EVIDENCE DE PROTEINES INDUITES PAR CETTE TECHNIQUE. CERTAINES PROTEINES POURRAIENT PAR CONTRE ETRE MODIFIEES EN REPONSE A L'IRRADIATION. L'ETUDE DE L'ADN GENOMIQUE APRES IRRADIATION PAR ELECTROPHORESE EN CHAMP PULSE A REVELE QUE P. FURIOSUS ET P. ABYSSI SONT CAPABLES DE SUPPORTER UNE DIZAINE DE CASSURES DOUBLE BRIN DANS LEURS CHROMOSOMES SANS PERTE DE VIABILITE
ETUDE DE LA TOPOLOGIE DE L'ADN CHEZ LES ARCHAEBACTERIES THERMOPHILES by FRANCK CHARBONNIER( Book )

1 edition published in 1993 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

TOUS LES ADNS EUBACTERIENS OU EUCARYOTES SONT SURENROULES NEGATIVEMENT. NOUS NOUS SOMMES INTERESSES A LA TOPOLOGIE DE L'ADN DES ARCHAEBACTERIES THERMOPHILES. NOUS AVONS MONTRE QUE L'ADN CHROMOSOMIQUE DE SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS EST GLOBALEMENT RELACHE IN VIVO, CONSTITUE DE REGIONS SURENROULES NEGATIVEMENT AUTOUR DE PROTEINES DE TYPE HISTONE, ET DE REGIONS LIBRES SURENROULEES POSITIVEMENT PAR LA REVERSE GYRASE. NOUS AVONS ISOLE ET CARACTERISE LE PREMIER PLASMIDE ISSU D'UNE ARCHAEBACTERIE HYPERTHERMOPHILE METABOLISANT LE SOUFRE. CE PLASMIDE EST AUSSI GLOBALEMENT RELACHE IN VIVO. A CETTE OCCASION, NOUS AVONS CALCULE, A HAUTES TEMPERATURES, L'EQUATION QUI RELIE L'ANGLE DE ROTATION DE LA DOUBLE-HELICE D'ADN ET LA TEMPERATURE. ENFIN, NOUS AVONS ANALYSE LES PLASMIDES DE PLUSIEURS SOUCHES REPRESENTATIVES ARCHAEBACTERIENNES ET EUBACTERIENNES. NOUS AVONS MONTRE QU'IL EXISTE DEUX TYPES DE PLASMIDES: CEUX QUI SONT SURENROULES NEGATIVEMENT, PROVENANT DE TOUTES LES EUBACTERIES ET DES ARCHAEBACTERIES MESOPHILES, ET CEUX QUI SONT RELACHES IN VIVO, ISSUS EXCLUSIVEMENT D'ARCHAEBACTERIES THERMOPHILES POSSEDANT L'ACTIVITE REVERSE GYRASE. DIFFERENTS MODELES SONT PROPOSES ET LES CONSEQUENCES BIOLOGIQUES SONT DISCUTEES
El origen del genoma by Patrick Forterre( )

2 editions published in 2000 in Spanish and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Étude du mécanisme catalytique de l'ADN topoisomérase VI le l'archaeon hyperthermophile Sulfolobus shibatae by Cyril Buhler( Book )

1 edition published in 2002 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

REPLICATION PAR LE MECANISME DU CERCLE ROULANT DU PLASMIDE PGT5, UN PLASMIDE DECOUVERT CHEZ L'ARCHAEBACTERIE HYPERTHERMOPHILE PYROCOCCUS ABYSSI by STEPHANIE MARSIN( Book )

1 edition published in 1998 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

LES PLASMIDES SONT DES ELEMENTS EXTRA-CHROMOSOMIQUES QUI SE REPLIQUENT ET SE REGULENT DE FACON AUTONOMES DANS LES CELLULES HOTES. ILS SONT CONNUS ET ETUDIES DEPUIS LONGTEMPS CHEZ LES EUBACTERIES OU ILS ONT ETE UTILISES, TOUT COMME LES PHAGES, COMME MODELES POUR L'ETUDE DE LA REPLICATION DE L'ADN. CHEZ LES ARCHAEBACTERIES HYPERTHERMOPHILES, LES CONNAISSANCES CONCERNANT LA REPLICATION SONT ENCORE LIMITEES, ET L'ABSENCE ACTUELLE D'OUTILS GENETIQUES NE FAVORISE PAS L'AVANCE DES RECHERCHES. LE PLASMIDE PGT5, ISOLE DE PYROCOCCUS ABYSSI, A ETE LE PREMIER ETUDIE CHEZ CE TYPE D'ORGANISME. IL A ETE SEQUENCE ET NOUS AVONS PU MONTRE QU'IL SE REPLIQUAIT PAR LE MECANISME DU CERCLE ROULANT. LA PROTEINE INITIATRICE DE SA REPLICATION, REP75, A ETE SURPRODUITE CHEZ ESCHERICHIA COLI ET ETUDIEE IN VITRO. ENTRE 75C ET 105C, REP75 EST CAPABLE DE COUPER ET RELIGUER UN OLIGONUCLEOTIDE SIMPLE BRIN PORTANT LE SITE DE COUPURE DE PGT5, AINSI QUE DE RELACHER UN PLASMIDE SURENROULE NEGATIVEMENT. LORS DE CETTE ETUDE, NOUS AVONS EGALEMENT MIS EN EVIDENCE UNE ACTIVITE SITE SPECIFIQUE, DE TYPE NUCLEOTIDYL TERMINALE TRANSFERASE, QUI N'AVAIT JAMAIS ETE DECRITE POUR D'AUTRES PROTEINES REP. ENTRE 55C ET 105C, REP75 EST EN EFFET CAPABLE DE TRANSFERER, A PARTIR DE L'ATP (OU DU DATP), UN NUCLEOTIDE SUR L'EXTREMITE 3' HYDROXYLE DU SITE DE COUPURE. PAR MUTAGENESE DIRIGEE, NOUS AVONS PU IDENTIFIER LE SITE ACTIF DE REP75 ET MONTRE QU'IL ETAIT IMPLIQUE DANS TOUTES LES ACTIVITES DE REP75. CETTE MEME ANALYSE A PERMIS CEPENDANT DE DEDOUBLER LES ACTIVITES DE COUPURE ET DE TRANSFERT, ET DE MONTRER QUE DIFFERENTS MECANISMES ETAIENT EN JEU. NOUS AVONS EGALEMENT REMARQUE QUE LA PRESENCE DE (D)ATP INHIBAIT LES ACTIVITES DE COUPURE RELIGATION, ET NOUS PROPOSONS UN NOUVEAU MECANISME DE REGULATION DANS LE QUEL L'ACTIVITE NUCLEOTIDYL TERMINALE TRANSFERASE INACTIVE LA PROTEINE REP75 AU COURS DE LA REPLICATION DU PLASMIDE
Rôle de la protéine BLM dans le maintien de l'intégrité du centromère : implications dans le phénotype cellulaire associé au syndrome de Bloom by Sébastien Rouzeau( )

1 edition published in 2011 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Le syndrome de Bloom (BS) est une maladie génétique rare caractérisée par une forte augmentation du taux d'échanges entre chromatides soeurs, des anomalies de ségrégation des chromosomes et une prédisposition au développement de tous types de cancers. Ce syndrome est la conséquence de mutations dans les deux copies du gène BLM, codant pour une 3'-5' ADN hélicase de type RecQ. La ou les fonctions de la protéine BLM sont encore mal définies mais les données de la littérature convergent vers un rôle de BLM dans des mécanismes de surveillance et/ou maintien de l'intégrité du génome. La protéine BLM serait impliquée dans le redémarrage de fourches de réplication bloquées pendant la phase S et serait nécessaire à la résolution de ponts anaphasiques en mitose, notamment de ponts particuliers appelées « UltraFine anaphase Bridges » (UFBs). Ces UFBs, qui relient les chromatides soeurs entre elles, ne sont pas détectables par les colorants classiques et leur présence ne peut-être révélée que par la détection des protéines PICH (Plk1-Interacting Checkpoint Helicase) ou BLM. A l'état basal, ces UFBs sont essentiellement d'origine centromérique (cUFBs).Tout l'enjeu de mon projet était de déterminer si BLM était également impliquée dans la prévention de la formation de ces cUFBs et donc si BLM jouait un rôle avant l'anaphase. Nous avons montré que BLM est recrutée aux centromères de la phase G2 jusqu'en mitose. BLM, en coopération avec la protéine PICH, est nécessaire (1) à l'organisation structurale de l'ADN centromérique, (2) à la disjonction complète des centromères, indépendamment de la voie des cohésines, suggérant une implication de ces protéines dans le processus de décaténation des centromères et (3) au recrutement de la topoisomérase IIa (Topo IIa) active aux centromères.Nos résultats révèlent ainsi une nouvelle localisation et une nouvelle fonction de la protéine BLM aux centromères et montrent pour la première fois l'implication des protéines BLM et PICH dans la décaténation centromérique avant l'anaphase. Nous proposons que BLM et PICH, par leurs activités respectives hélicase et de remodelage de la chromatine, modifient la structure des centromères pendant la pré-métaphase, rendant ainsi certaines caténations accessibles à la Topo IIa avant l'anaphase. La défaillance de ce mécanisme entraînerait la persistance de caténations centromériques non résolues avant l'anaphase. Ainsi, dans les cellules BS, la fréquence élevée de cUFBs aurait deux origines différentes : une partie correspondrait à des cUFBs formés du fait d'une décaténation défaillante des centromères avant l'anaphase, et l'autre partie correspondrait à des cUFBs « physiologiques » non résolus en anaphase. Afin de distinguer l'origine des cUFBs, nous avons appelé ceux issus de caténations non résolues avant l'anaphase les UFBs centromériques surnuméraires (SC-UFBs pour Supernumerary Centromeric UFBs)
Amélioration des méthodes pour la détection des éléments intégrés dans les génomes de bactéries et d'archaea Étude du système Xer-dif chez les Archaea by Diego Cortez( Book )

1 edition published in 2009 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les archées, le troisième domaine du vivant, ont des chromosomes circulaires et une machinerie de recombinaison homologue active. Par conséquent, les archées doivent héberger un mécanisme pour résoudre les éventuels dimères de chromosomes et ainsi surmonter cet obstacle dans leur cycle cellulaire. Nous avons identifié des sites dif dans des différents chromosomes d'archées, localisés toujours dans la région où la réplication se termine. Les protéines XerA est très active et capable de résoudre et de former des multimères de plasmides. Nos résultats indiquent que Xer/dif était présent à la base des bactéries et des archées, bien qu'on ne puisse pas distinguer s'il est dû à un transfert horizontal entre domaines ou à une présence chez LUCA. Les génomes de bactéries et d'archées possèdent un certain nombre de gènes d'origine étrangère qui sont arrivés par des événements récents de transfert horizontal de gènes. Néanmoins, le rôle de ces éléments intégratifs, comme les virus, les plasmides, les transposons, dans ce processus, n'a pas été entièrement quantifié. Nous avons réalisé une analyse globale des éléments intégratifs dans 119 génomes d'archées et de bactéries. Les résultats de ce travail indiquent que les génomes d'archées et de bactéries possèdent un nombre important d'éléments étrangers (dont les séquences orphelines) qui proviennent d'un énorme réservoir des éléments intégratifs que l'on à peine commencé à explorer
Structural Basis of the Biosynthesis of the tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine by Wenhua Zhang( )

1 edition published in 2014 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Most tRNAs undergo chemical modifications during their maturation after the transcription. N6-threonylcarbamoyladenosine (t6A) is universally present at position 37 of tRNAs that recognize ANN-codons. tRNA t6A plays an essential role in translational fidelity through enhancing the codon-anticodon interaction. Recently, the tRNA t6A-modifying enzymes have been identified and characterized in bacteria, archaea and yeast. The biosynthesis of tRNA t6A proceeds in two main steps: first, the biosynthesis of an unstable intermediate threonylcarbamoyladenylate (TCA) by Sua5/YrdC family protein, using ATP, L-threonine, bicarbonate as substrates; second, the transfer of threonylcarbamoyl-moiety from TCA onto A37 of cognate tRNAs by a set of other proteins that use Kae1/Qri7/YgjD family proteins as a catalytic component. Though the biosynthesis of tRNA t6A could be accomplished by Sua5 and Qri7 in yeast mitochondria, the t6A biosynthesis in archaea and yeast cytoplasm requires Sua5 and KEOPS protein complex, which consists of Kae1, Bud32, Cgi121, Pcc1 in archaea, and a fifth Gon7 in yeast. In bacteria, it requires YrdC, YgjD, YeaZ and YjeE, of which YeaZ and YjeE are not related to any KEOPS subunits. Presently, the molecular mechanism of Sua5/YrdC in catalyzing the TCA biosynthesis is not well understood; How the KEOPS subunits assembly and cooperatively transfer threonylcarbamoyl-moiety from TCA to tRNA is not known; The contribution of YeaZ and YjeE in t6A biosynthesis in bacteria still remains to be probed.In this study, we report crystal structures of P. abyssi Sua5, S. cerevisiae Gon7/Pcc1 and Bud32/Cgi121 binary complexes, and E. coli YgjD-YeaZ heterodimer. Based on the information revealed by the crystal structures, advanced biochemical characterizations were carried out to validate the hypotheses. We confirm first that Sua5/YrdC is capable of catalyzing the TCA biosynthesis using substrates of ATP, L-threonine, and bicarbonate. The structure of P. abyssi Sua5 in complex with pyrophosphate provides a basis for its ATP-pyrophosphatase activity. Second, the structure of Gon7 reveals that it functions as a structural mimic of Pcc1 and therefore prevents the formation of Pcc1 homodimer, which mediates the formation of a dimer of tetrameric KEOPS from archaea. The structure of Bud32-Cgi121 in complex with ADP provides a basis in support of the dual kinase and ATPase activities of Bud32. We present a structural model of yeast KEOPS that exists as a heteropentamer. Third, we discovered that the weak intrinsic ATPase activity of YjeE is activated by YgjD-YeaZ heterodimer. YgjD, YeaZ and YjeE associate and form a ternary complex that is regulated by both the formation of YgjD-YeaZ heterodimer and the binding of ATP to YjeE. The model of YgjD-YeaZ-YjeE ternary complex provides structural insight into the essential role of YeaZ and YjeE in t6A biosynthesis in bacteria. This work provides structural insights into understanding the biosynthesis of tRNA t6A that is essential and ubiquitous in all three domains of life
Bactéries de l'extrême by CNRS audiovisuel( Visual )

2 editions published between 1997 and 2010 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

La mission Microsmoke (novembre décembre 1995) a permis d'explorer des fosses de 3500 mètres de profondeur à l'aide du sous-marin de l'Ifremer Nautile dans l'océan Atlantique. Le but de cette mission était la recherche des sources chaudes au voisinage desquelles prolifèrent les bactéries thermophiles et hyperthermophiles. Grâce aux bras du Nautile, les scientifiques ont pu prélever des échantillons de fluide hydrothermal et des morceaux de cheminées qui sont ensuite analysés en laboratoire. Les bactéries thermophiles sont peut être une des premières formes de vie apparues sur terre. Leur résistance exceptionnelle permet aux chercheurs d'explorer les conditions extrêmes où la vie est encore possible
MODULATION DE L'EPISSAGE PROTEIQUE AUTO-CATALYTIQUE D'INTEINES D'ARCHAEBACTERIES ET DE MYCOBACTERIES CHEZ ESCHERICHIA COLI A LA RECHERCHE DE NOUVEAUX OUTILS BIOTECHNOLOGIQUES ET PHARMACEUTIQUES by Eric Adam( Book )

1 edition published in 2000 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

MON TRAVAIL DE THESE A CONSISTE A ETUDIER L'EPISSAGE PROTEIQUE, LA MODULATION DU MECANISME BIOCHIMIQUE ET LA MISE AU POINT DE SYSTEMES GENETIQUES QUE L'ON PEUT EXPLOITER POUR DEVELOPPER DE NOUVEAUX OUTILS POUR LA BIOLOGIE MOLECULAIRE ET L'INDUSTRIE PHARMACEUTIQUE. UNE LISTE DE TOUTES LES SEQUENCES D'INTEINES DISPONIBLES DANS LES TROIS REGNES DU VIVANT A ETE REUNIE. LA COMPARAISON DES SEQUENCES D'INTEINES PERMET D'ETABLIR DES DEFINITIONS PRECISES POUR RECONNAITRE, NOMMER, ET CATALOGUER LES INTEINES. PAR LA SUITE, DES MUTATIONS SENSIBLES A LA TEMPERATURE ET SYMETRIQUES DANS LES DEUX SOUS-DOMAINES DE L'INTEINE DE LA SOUS-UNITE A DE LA GYRASE DE MYCOBACTERIUM XENOPI ONT ETE GENEREES GRACE A UN SYSTEME DE SELECTION GENETIQUE. UNE MUTATION SENSIBLE A LA TEMPERATURE A ETE RECONSTITUEE ARTIFICIELLEMENT A PARTIR DES LOIS STRUCTURELLES DEDUITES DE L'ANALYSE DE VINGT-TROIS MUTANTS UNIQUES. NOTRE ETUDE SUPPORTE L'HYPOTHESE QUE LE DOMAINE D'EPISSAGE DES INTEINES EST ISSU D'UNE DUPLICATION D'UN DOMAINE ANCESTRAL ET QUE LES ENDONUCLEASES AUTONOMES ONT ENVAHIT DES ELEMENTS A EPISSAGE PROTEIQUE PREEXISTANTS. DE PLUS, L'EPISSAGE PROTEIQUE D'UNE INTEINE EN TRANS A ETE REALISEE PAR RECONSTITUTION DE FRAGMENTS D'INTEINES EN INTERROMPANT UN PRECURSEUR PROTEIQUE A L'INTERIEUR DE L'INTEINE PSP POL-1 ET EN EXPRIMANT LES DEUX FRAGMENTS RESULTANT DANS DEUX HOTES DIFFERENTS. FINALEMENT, UN SYSTEME DE SELECTION GENETIQUE PAR INTEINE A ETE MIS AU POINT EN INSERANT LES INTEINES ALLELES GYRA DE MYCOBACTERIES OPPORTUNISTES DANS LE SITE ACTIF DE LA SOUS-UNITE GYRA D'E. COLI. OU L'EPISSAGE DES INTEINES GYRA CONFERENT UN PHENOTYPE DOMINANT LETAL. CE SYSTEME GENETIQUE GYRASE A AUSSI ETE TESTE AVEC SUCCES DANS UN FORMAT DE BOITE A 96 PUITS. LE SYSTEME GENETIQUE GYRASE EST APPLICABLE A LA DECOUVERTE D'INHIBITEURS DE L'EPISSAGE PROTEIQUE D'INTEINES NATURELLEMENT PRESENTES DANS DES SOUS-UNITES GYRA MYCOBACTERIENNES
¿Son las hipertermófilas nuestro origen? by Patrick Forterre( )

1 edition published in 1999 in Spanish and held by 1 WorldCat member library worldwide

Caractérisation biochimique des machineries de biosynthèse de t6A, un nucléoside modifié universel by Ludovic Perrochia( )

1 edition published in 2013 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

Transfer RNA are central elements of the translational system and carry a large diversity of modified nucleosides (derived from canonical nucleosides A, U, G, and C), which tune the stability, the decoding capacity and the identity of these oligonucleotides. t6A (threonylcarbamoyl-N6- adenosine) is a hypermodified nucleoside found at the position 37 (next to the anticodon) in all tRNA decoding ANN codons. It plays an essential role in the fidelity of translation through two main functions: (i) it ensures a correct conformation of the anticodon loop; (ii) it enhances codon/anticodon pairing to prevent frameshifting during translation. This nucleoside is universal, found in Archaea, Bacteria, Eukarya and also in organites such as mitochondria, which suggests that it appeared early in the evolution, probably before the last universal common ancestor (LUCA). Despite the importance of t6A and its distribution, its biosynthetic pathway has remained unknown for almost 40 years.Recently, genetic studies have shown that two universal proteins, Sua5/YrdC and Kae1/YgjD, are both necessary for synthesis of t6A in Saccharomyces cerevisiae and Escherichia coli. In Bacteria, the in vitro synthesis of t6A requires two other bacterial specific proteins called YeaZ and YjeE. In Archaea and Eukarya, Kae1 (the YgjD orthologue) is a part of a conserved protein complex called KEOPS (for Kinase Endopeptidase and Other Proteins of Small size), with three other proteins Bud32, Cgi121 and Pcc1, that have no bacterial homologues. Since its discovery in 2006 in yeast, this complex has been involved in several cellular processes (telomere homeostasis, genome maintenance, transcription regulation), but its real function remained unclear.Using an in vitro biochemical approach we aimed to characterize and compare the t6A biosynthesis systems from the three domains of life, using as model organisms Pyrococcus abyssi (Archaea) Saccharomyces cerevisiae (Eukarya), and Escherichia coli (Bacteria). We have reconstituted for the first time an in vitro system for t6A modification in Archaea and Eukarya, using purified KEOPS and Sua5. This allowed us to propose a model for the catalytic mechanism, and using in vitro complementation experiments we demonstrated that this mechanism is universal: Sua5/YrdC orthologues are interchangeable, and the KEOPS complex is the functional analogue of the bacterial trio YeaZ/YgjD/YjeE. In the second part of this work we have studied the role of each sub unit in the synthesis of t6A. Using KEOPS from P. abyssi as model we demonstrated that Kae1 is the only catalytic component while the three other partners have distinct functions in dimerization, tRNA binding and allosteric regulation. Finally, we have focused on the t6A synthesis in the mitochondria of S.cerevisiae, and shown that Sua5 and Qri7, the mitochondrial orthologue of Kae1/YgjD, catalyze together the synthesis of t6A and so represent a minimal two-component system.Overall these findings shed light on the reaction mechanism of t6A synthesis in the three domains of life, and allowed proposing a scenario concerning the history of the t6A synthesis machinery and its evolution
 
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Alternative Names
Forterre, P.

Patrick Forterre Frans schrijver

Patrick Forterre French writer

Patrick Forterre researcher

Languages
French (21)

English (13)

Spanish (3)