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Carbone, Alessandra

Overview
Works: 23 works in 67 publications in 2 languages and 1,666 library holdings
Genres: Conference papers and proceedings 
Roles: Author, Editor, Thesis advisor, 956
Classifications: QA267.7, 511.3
Publication Timeline
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Most widely held works by Alessandra Carbone
A graphic apology for symmetry and implicitness by Alessandra Carbone( Book )

7 editions published between 1999 and 2000 in English and held by 179 WorldCat member libraries worldwide

DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papers by Alessandra Carbone( Book )

25 editions published in 2006 in English and held by 160 WorldCat member libraries worldwide

" ..., the 11th International Meeting on DNA Computing was held June 6-9, 2005 at the University ofWestern Ontario in London, Ontario, Canada
Pattern formation in biology, vision and dynamics by Alessandra Carbone( Book )

8 editions published between 1999 and 2000 in English and Undetermined and held by 139 WorldCat member libraries worldwide

Half a billion years of evolution have turned the eye into an unbelievable pattern detector. Everything we perceive comes in delightful multicolored forms. Now, in the age of science, we want to comprehend what and why we see. Two dozen outstanding biologists, chemists, physicists, psychologists, computer scientists and mathematicians met at the Institut d'Hautes Etudes Scientifiques in Bures-sur-Yvette, France. They expounded their views on the physical, biological and physiological mechanisms creating the tapestry of patterns we see in molecules, plants, insects, seashells, and even the human
Mathematical slices of molecular biology by Alessandra Carbone( Book )

7 editions published in 2001 in French and English and held by 22 WorldCat member libraries worldwide

Voyage dans l'imaginaire mathématique by Jean François Dars( Visual )

2 editions published between 2000 and 2001 in French and held by 7 WorldCat member libraries worldwide

Extrait du résumé figurant sur la jaquette : Synthèse d'une journée de conférences ayant eu lieu lors d'une opération portes ouvertes de l'IHES (Institut des hautes études scientifiques de Bures-sur-Yvette) au Centre Georges Pompidou le 18 septembre 2000. Les aspects les plus divers des mathématiques sont abordés par huit praticiens prestigieux
DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papers( Visual )

1 edition published in 2006 in English and held by 4 WorldCat member libraries worldwide

Evolution des séquences protéiques signatures structurales hydrophobes et réseaux d'acides aminés co-évolués by Julie Baussand( Book )

1 edition published in 2008 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Macromolecular interplay and traffic on DNA : workshop, Evry, July 12-13, 2002( Book )

1 edition published in 2003 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Espace de génomes : géométrie et signification biologique by Colloquium Jacques Morgenstern( )

1 edition published in 2003 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Etude du transcriptome à partir de données de comptages issues de séquençage haut débit by Bogdan Mirauta( )

1 edition published in 2014 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les technologies de séquençage jouent un rôle croissant dans l'analyse de l'expression des transcrits . La méthode la plus courante de séquençage du transcriptome, RNA-Seq est une méthode d'investigation d'une population de transcrits par cisaillement aléatoire, amplification et séquençage à haut débit. Les données issues du RNA-Seq peuvent être utilisées pour la quantification des niveaux d'expression des transcrits et pour la détection des régions transcrites et demandent des approches bioinformatiques.Nous avons développé des approches statistiques pour l'estimation des niveaux de transcription et l'identification des frontières de transcription sans faire usage de l'annotation existante et pour l'analyse des différences dans l'expression entre deux conditions. La reconstruction du paysage transcriptionel est faite dans un cadre probabiliste (Chaînes de Markov Caché - HMM) ou les variations du niveau de la transcription sont prises en compte en termes de changements brusques et de dérives. Le HMM est complété par une loi d'émission qui capture la variance des comptages dans un transcrit, l'auto-corrélation de courte portée et la fraction des positions avec zéro comptages. L'estimation repose sur un algorithme de Monte Carlo Séquentiel (SMC), le Particle Gibbs, dont le temps d'exécution est plus adapté aux génomes microbiennes. L'analyse des différences dans l'expression (DE) est réalisée sans faire usage de l'annotation existante. L'estimation de DE est premièrement faite à la résolution de position et en suite les régions avec un signal DE continu sont agrégés. Deux programmes nommés Parseq et Pardiff sont disponibles à http://www.lgm.upmc.fr/parseq/
Fractal DNA-assembly by Alessandra Carbone( Book )

1 edition published in 2002 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Détection des mutations simultanées dans les séquences protéiques non-divergentes by Linda Dib( Book )

1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'utilisation de séquences protéiques alignées semble essentielle à la détection de résidus fonctionnellement et structurellement importants. Depuis près de 40 ans de nombreuses études évaluent la conservation des positions protéiques et identifient les positions fonctionnellement importantes (site d'interaction entre molécules). Cependant, les positions conservées ne sont les seuls résidus clefs. Depuis près de dix ans, des approches statistiques analysent la co-évolution entre les résidus. Nous avons élaboré une méthode combinatoire nommée BIS (pour Block In Sequence) pour détecter des fragments co-évoluants. Cette méthode est basée sur l' alignement des séquences et la topologie de l'arbre associé aux séquences. La méthode n'a pas besoin de données structurelles, ni de la connaissance de résidus fonctionnels. Elle permet d'analyser de très petites familles de protéines et des familles de protéine très conservées. Ces domaines d'application distinguent notre méthodologie des autres approches existantes. La méthodologie a été appliquée sur de petites protéines ayant au plus 400 séquences homologues telles que le domaine B de la protéine A (Fersht et al., 2006), MukB (Innis, 2007), le peptide beta de l'amyloïde et les sous-familles SF1 et SF2 de l'AATPase. Le domaine B de la protéine A est une protéine caractérisée par trois hélices beta. Les classes de positions co-évoluantes détectés pour cette protéine ont permit de détecter les résidus impliqués dans le repliement de la protéine et identifiés par Alan Fersht
On logical flow graphs by Alessandra Carbone( )

1 edition published in 1993 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Circuits and self-assembling DNA structures by Alessandra Carbone( Book )

1 edition published in 2002 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Provable fixed points in I-deltaOmegad[by] Alessandra Carbone by Alessandra Carbone( Book )

1 edition published in 1989 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Prédiction de structure tridimensionnelle de molécules d'ARN par minimisation de regret by Mélanie Boudard( )

1 edition published in 2016 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

The functions of RNA molecules in cellular processes are related very closely to its three dimensional structure. It is thus essential to predict the structure for understanding RNA functions. This folding can be seen as a two-step process: the formation of a secondary structure and the formation of three-dimensional structure. This first step is the results of strong interactions between nucleotides, and the second one is obtain by the tertiary interactions. Predicting the secondary structure is well-known and results in numerous advances since thirty years. However, predicting the three-dimensional structure is a more difficult problem due to the high number of possibility. To overcome this problem, we decided to see the folding of the RNA structure as a game. The secondary structure of the RNA is represented as a graph: its corresponds to a coarse-grained modeling of this structure. This modeling allows us to fold the RNA molecule in a discrete space. Our hypothesis is to understand the 3D structure like an equilibrium in game theory. To find this equilibrium, we will use regret minimization algorithms. We also study different formalizations of the game, based on biological statistics. The objective of this work is to develop a method of RNA folding which will work on all types of secondary structures and results more accurate than current approaches. Our method, called GARN, reached the expected objectives and allowed us to deepen the interesting factors for coarse-grained structure prediction on molecules
Provable fixed points in IDO+O1 by Alessandra Carbone( Book )

1 edition published in 1989 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Combinatoire des mutations génétiques by Raphael Champeimont( )

1 edition published in 2014 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Dans une première partie, je présente le travail que j'ai accompli sur la coévolution moléculaire. Je présente le contexte biologique et les différentes mesures qui permettent de détecter la conservation et la coévolution à l'échelle des acides aminés. Ensuite, je montre une application de ces mesures à la détection des résidus critiques dans la protéine P53 liée au cancer. Dans ce but, j'ai créé une évaluation des différentes méthodes de prédiction. J'utilise ensuite la même méthodologie sur une base de données de mutations liées à des maladies génétiques. Je montre également comment la coévolution au niveau des résidus permet de découvrir des interactions protéine-protéine sur le virus de l'hépatite C. Enfin, je présente l'algorithme PruneTree, qui permet de filtrer des ensembles de séquences utilisés comme entrée par les programmes de détection de coévolution.Dans une deuxième partie, je m'intéresse à l'étude de l'évolution à l'échelle du génome, en particulier aux mécanismes de recombinaison méiotique. Pour cela j'ai considéré le taux de recombinaison le long du génome et sa cause, les cassures double-brin de l'ADN. Je présente alors un modèle de la distribution de ces cassures et de la liaison des différentes protéines liées à la recombinaison. Je présente également une méthode de détection de périodicité le long du génome basée sur les transformées de Fourier.Enfin, dans la dernière partie, je présente un nouvel algorithme pour simuler l'évolution des génomes de façon à évaluer les outils de reconstruction, et le paquet R-CLAG permettant d'utiliser l'algorithme de classification CLAG depuis R
 
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A graphic apology for symmetry and implicitness
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English (52)

French (10)

Covers
DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papersPattern formation in biology, vision and dynamicsDNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papersMacromolecular interplay and traffic on DNA : workshop, Evry, July 12-13, 2002