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Carbone, Alessandra

Overview
Works: 20 works in 53 publications in 3 languages and 1,275 library holdings
Genres: Conference proceedings  Criticism, interpretation, etc 
Roles: Editor
Classifications: QA76.887, 511.3
Publication Timeline
Key
Publications about  Alessandra Carbone Publications about Alessandra Carbone
Publications by  Alessandra Carbone Publications by Alessandra Carbone
Most widely held works by Alessandra Carbone
DNA computing 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papers by Alessandra Carbone ( )
17 editions published in 2006 in English and held by 533 WorldCat member libraries worldwide
" ..., the 11th International Meeting on DNA Computing was held June 6-9, 2005 at the University ofWestern Ontario in London, Ontario, Canada
Pattern formation in biology, vision and dynamics by Alessandra Carbone ( )
7 editions published between 1999 and 2000 in English and held by 517 WorldCat member libraries worldwide
Half a billion years of evolution have turned the eye into an unbelievable pattern detector. Everything we perceive comes in delightful multicolored forms. Now, in the age of science, we want to comprehend what and why we see. Two dozen outstanding biologists, chemists, physicists, psychologists, computer scientists and mathematicians met at the Institut d'Hautes Etudes Scientifiques in Bures-sur-Yvette, France. They expounded their views on the physical, biological and physiological mechanisms creating the tapestry of patterns we see in molecules, plants, insects, seashells, and even the human
A graphic apology for symmetry and implicitness by Alessandra Carbone ( Book )
5 editions published in 2000 in English and held by 171 WorldCat member libraries worldwide
Mathematical slices of molecular biology by Alessandra Carbone ( Book )
5 editions published in 2001 in French and English and held by 20 WorldCat member libraries worldwide
DNA computing revised selected papers ( )
3 editions published in 2006 in English and held by 6 WorldCat member libraries worldwide
Voyage dans l'imaginaire mathématique by Jean François Dars ( Visual )
2 editions published between 2000 and 2001 in French and held by 6 WorldCat member libraries worldwide
Extrait du résumé figurant sur la jaquette : Synthèse d'une journée de conférences ayant eu lieu lors d'une opération portes ouvertes de l'IHES (Institut des hautes études scientifiques de Bures-sur-Yvette) au Centre Georges Pompidou le 18 septembre 2000. Les aspects les plus divers des mathématiques sont abordés par huit praticiens prestigieux
DNA computing 11th International Meeting on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 : revised selected papers ( Book )
1 edition published in 2006 in English and held by 5 WorldCat member libraries worldwide
Espace de génomes : géométrie et signification biologique by Colloquium Jacques Morgenstern ( )
1 edition published in 2003 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide
DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papers ( Visual )
1 edition published in 2006 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide
Evolution des séquences protéiques signatures structurales hydrophobes et réseaux d'acides aminés co-évolués by Julie Baussand ( Book )
1 edition published in 2008 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide
Macromolecular interplay and traffic on DNA : workshop, Evry, France, 2002 ( Book )
1 edition published in 2003 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide
Provable fixed points in I-deltaOmegad[by] Alessandra Carbone by Alessandra Carbone ( Book )
1 edition published in 1989 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide
Provable fixed points in IDO+O1 by Alessandra Carbone ( Book )
1 edition published in 1989 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide
Analyse de signaux dans les séquences génomiques recherche de microARN chez les eucaryotes [et] étude de la distribution des gènes chez Escherichia coli by Anthony Mathelier ( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide
Nous proposons deux méthodes in silico pour découvrir des microARN dans les séquences génomiques eucaryotes. Les microARN sont de petites séquences non codantes de ~22nt issues de précurseurs et impliquées dans la régulation post-transcriptionnelle. La première méthode recherche des microARN par homologie ou à partir de données de deep sequencing en utilisant les propriétés de la structure secondaire des précurseurs. La validation se base sur seulement cinq critères numériques se révélant aussi puissants que des méthodes plus complexes proposées précédemment. La seconde méthode, basée sur une propriété de co-localisation, recherche de façon ab initio de nouveaux microARN organisés en clusters structuraux et permet également de considérer des données de deep sequencing. Nous proposons alors une identification génétique de régions des chromosomes humains susceptibles de contenir des informations importantes pour la régulation de plusieurs processus cellulaires clé par des microARN. Nous avons ensuite étudié la périodicité des gènes dans le génome d'Escherichia coli en utilisant une analyse de Fourier. La période génomique globale de 33kb trouvée suggère une organisation de la structure tri-dimensionnelle du chromosome codée au niveau génomique. Cette période est une caractéristique commune à plusieurs sous-ensembles fonctionnels de gènes. Cette organisation met en lumière deux réseaux fonctionnels indépendants de gènes. La méthodologie développée dans cette analyse peut être appliquée à n'importe quel ensemble de gènes et peut être utilisée pour une analyse à large échelle des bactéries et des archées
M.I︠U︡. Lermontov: mezhdu Zapadom i Vostokom by E. L Sosnina ( Book )
1 edition published in 2012 in Russian and held by 1 WorldCat member library worldwide
Détection des mutations simultanées dans les séquences protéiques non-divergentes by Linda Dib ( Book )
1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide
L'utilisation de séquences protéiques alignées semble essentielle à la détection de résidus fonctionnellement et structurellement importants. Depuis près de 40 ans de nombreuses études évaluent la conservation des positions protéiques et identifient les positions fonctionnellement importantes (site d'interaction entre molécules). Cependant, les positions conservées ne sont les seuls résidus clefs. Depuis près de dix ans, des approches statistiques analysent la co-évolution entre les résidus. Nous avons élaboré une méthode combinatoire nommée BIS (pour Block In Sequence) pour détecter des fragments co-évoluants. Cette méthode est basée sur l' alignement des séquences et la topologie de l'arbre associé aux séquences. La méthode n'a pas besoin de données structurelles, ni de la connaissance de résidus fonctionnels. Elle permet d'analyser de très petites familles de protéines et des familles de protéine très conservées. Ces domaines d'application distinguent notre méthodologie des autres approches existantes. La méthodologie a été appliquée sur de petites protéines ayant au plus 400 séquences homologues telles que le domaine B de la protéine A (Fersht et al., 2006), MukB (Innis, 2007), le peptide beta de l'amyloïde et les sous-familles SF1 et SF2 de l'AATPase. Le domaine B de la protéine A est une protéine caractérisée par trois hélices beta. Les classes de positions co-évoluantes détectés pour cette protéine ont permit de détecter les résidus impliqués dans le repliement de la protéine et identifiés par Alan Fersht
Analyse combinatoire des réarrangements chromosomiques et reconstruction des génomes ancestraux chez les eucaryotes by Guénola Drillon ( Book )
1 edition published in 2013 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide
Les réarrangements chromosomiques sont des mutations de grande taille responsables du changement de l'ordre, de l'orientation et/ou du nombre de copie des gènes le long des chromosomes. La reconstruction de l'histoire évolutive des génomes et la reconstruction des génomes ancestraux sont des questions importantes en biologie. Mais la dimension combinatoire du problème et la quantité de données rendent indispensable une approche pluridisciplinaire. Au cours de ce travail de thèse, nous avons cherché à revisiter les différents concepts déjà existants, en redéfinissant les objets biologiques étudiés, en vue de revenir aux questions biologiques initiales. Nous avons ainsi développé une méthode complète et originale, pouvant s'appliquer aux génomes eucaryotes contenant plusieurs chromosomes. Elle se décompose en quatre algorithmes distincts qui : (i) identifient les blocs de synténie, en permettant qu'ils puissent se chevaucher, s'inclure ou être dupliqués ; (ii) reconstruisent les arbres phylogénétiques à partir des relations d'adjacence entre les blocs de synténie ; (iii) identifient les réarrangements chromosomiques accumulés entre deux génomes et (iv) reconstruisent les génomes ancestraux en s'appuyant sur la localisation des réarrangements le long des branches de l'arbre phylogénétique.Chacune de ces parties a été implémentée et appliquée à 19 génomes de levures et 13 génomes de vertébrés. Les résultats ont été validés par comparaison aux reconstructions existantes et ont pu servir à l'analyse comparée de l'évolution des génomes entre levures et vertébrés
On logical flow graphs by Alessandra Carbone ( Book )
1 edition published in 1993 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide
Evolution et apprentissage automatique pour l'annotation fonctionnelle et la classification des homologies lointains en protéines by Juliana Silva Bernardes ( Book )
1 edition published in 2012 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide
La détection d'homologues lointains est essentielle pour le classement fonctionnel et structural des séquences protéiques et pour l'amélioration de l'annotation des génomes très divergents. Pour le classement des séquences, nous présentons la méthode "ILP-SVM homology", combinant la programmation logique inductive (PLI) et les modèles propositionnels. Elle propose une nouvelle représentation logique des propriétés physico-chimiques des résidus et des positions conservées au sein de l'alignement de séquences. Ainsi, PLI trouve les règles les plus fréquentes et les utilise pour la phase d'apprentissage utilisant des modèles d'arbre de décision ou de machine à vecteurs de support. La méthode présente au moins les mêmes performances que les autres méthodes trouvées dans la littérature. Puis, nous proposons la méthode CASH pour annoter les génomes très divergents. CASH a été appliqué à Plasmodium falciparum, mais reste applicable à toutes les espèces. CASH utilise aussi bien l'information issue de génomes proches ou éloignés de P. falciparum.Chaque domaine connu est ainsi représenté par un ensemble de modèles évolutifs, et les sorties sont combinées par un méta-classificateur qui assigne un score de confiance à chaque prédiction. Basé sur ce score et sur des propriétés de co-ocurrences de domaines, CASH trouve l'architecture la plus probable de chaque séquence en appliquant une approche d'optimisation multi-objectif. CASH est capable d'annoter 70% des domaines protéiques de P. falciparum, contre une moyenne de 57% pour ses concurrents. De nouveaux domaines protéiques ont pu être caractérisés au sein de protéines de fonction inconnue ou déjà annotées
DNA Computing (vol. # 3892) by Alessandra Carbone ( Book )
1 edition published in 2006 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide
 
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