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Carbone, Alessandra

Overview
Works: 25 works in 61 publications in 4 languages and 1,503 library holdings
Genres: Conference proceedings  Criticism, interpretation, etc 
Roles: Author, Editor, Thesis advisor
Classifications: QA76.887, 511.3
Publication Timeline
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Most widely held works by Alessandra Carbone
DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papers by Alessandra Carbone( Book )

14 editions published in 2006 in English and held by 222 WorldCat member libraries worldwide

" ..., the 11th International Meeting on DNA Computing was held June 6-9, 2005 at the University ofWestern Ontario in London, Ontario, Canada
A graphic apology for symmetry and implicitness by Alessandra Carbone( Book )

6 editions published between 1999 and 2000 in English and held by 174 WorldCat member libraries worldwide

Pattern formation in biology, vision and dynamics by Alessandra Carbone( Book )

7 editions published between 1999 and 2000 in English and held by 135 WorldCat member libraries worldwide

Half a billion years of evolution have turned the eye into an unbelievable pattern detector. Everything we perceive comes in delightful multicolored forms. Now, in the age of science, we want to comprehend what and why we see. Two dozen outstanding biologists, chemists, physicists, psychologists, computer scientists and mathematicians met at the Institut d'Hautes Etudes Scientifiques in Bures-sur-Yvette, France. They expounded their views on the physical, biological and physiological mechanisms creating the tapestry of patterns we see in molecules, plants, insects, seashells, and even the human
Mathematical slices of molecular biology by Alessandra Carbone( Book )

6 editions published in 2001 in French and English and held by 20 WorldCat member libraries worldwide

Voyage dans l'imaginaire mathématique by Jean François Dars( Visual )

2 editions published between 2000 and 2001 in French and held by 6 WorldCat member libraries worldwide

Extrait du résumé figurant sur la jaquette : Synthèse d'une journée de conférences ayant eu lieu lors d'une opération portes ouvertes de l'IHES (Institut des hautes études scientifiques de Bures-sur-Yvette) au Centre Georges Pompidou le 18 septembre 2000. Les aspects les plus divers des mathématiques sont abordés par huit praticiens prestigieux
DNA computing 11th International Meeting on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 : revised selected papers( Book )

1 edition published in 2006 in English and held by 5 WorldCat member libraries worldwide

Gagarin by Lev Danilkin( Book )

1 edition published in 2013 in Italian and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

DNA computing revised selected papers( )

2 editions published in 2006 in English and held by 3 WorldCat member libraries worldwide

Evolution des séquences protéiques signatures structurales hydrophobes et réseaux d'acides aminés co-évolués by Julie Baussand( Book )

1 edition published in 2008 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Macromolecular interplay and traffic on DNA : workshop, Evry, France, 2002( Book )

1 edition published in 2003 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Espace de génomes : géométrie et signification biologique by Colloquium Jacques Morgenstern( )

1 edition published in 2003 in French and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papers( Visual )

1 edition published in 2006 in English and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

M.I︠U︡. Lermontov: mezhdu Zapadom i Vostokom by E. L Sosnina( Book )

1 edition published in 2012 in Russian and held by 2 WorldCat member libraries worldwide

Détection des mutations simultanées dans les séquences protéiques non-divergentes by Linda Dib( Book )

1 edition published in 2012 in French and held by 1 WorldCat member library worldwide

L'utilisation de séquences protéiques alignées semble essentielle à la détection de résidus fonctionnellement et structurellement importants. Depuis près de 40 ans de nombreuses études évaluent la conservation des positions protéiques et identifient les positions fonctionnellement importantes (site d'interaction entre molécules). Cependant, les positions conservées ne sont les seuls résidus clefs. Depuis près de dix ans, des approches statistiques analysent la co-évolution entre les résidus. Nous avons élaboré une méthode combinatoire nommée BIS (pour Block In Sequence) pour détecter des fragments co-évoluants. Cette méthode est basée sur l' alignement des séquences et la topologie de l'arbre associé aux séquences. La méthode n'a pas besoin de données structurelles, ni de la connaissance de résidus fonctionnels. Elle permet d'analyser de très petites familles de protéines et des familles de protéine très conservées. Ces domaines d'application distinguent notre méthodologie des autres approches existantes. La méthodologie a été appliquée sur de petites protéines ayant au plus 400 séquences homologues telles que le domaine B de la protéine A (Fersht et al., 2006), MukB (Innis, 2007), le peptide beta de l'amyloïde et les sous-familles SF1 et SF2 de l'AATPase. Le domaine B de la protéine A est une protéine caractérisée par trois hélices beta. Les classes de positions co-évoluantes détectés pour cette protéine ont permit de détecter les résidus impliqués dans le repliement de la protéine et identifiés par Alan Fersht
DNA Computing (vol. # 3892) by Alessandra Carbone( Book )

6 editions published in 2006 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Combinatoire des mutations génétiques by Raphael Champeimont( )

1 edition published in 2014 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

In a first part, I show the work I have done on molecular evolution. I present the general biological background and the measures that allow us to detect both conservation and coevolution at the amino-acid level. Then, I present an application of these measures to the detection of critical residues in the cancer protein P53. To this end, I have made a benchmark of different prediction methods. I then use the same methodology on a large scale database of pathogenic mutations linked to genetic diseases. After that, I show how residue-level coevolution can help us discover protein-protein interactions in the hepatitis C virus. Finally, I present the PruneTree algorithm, which allows filtering sequence sets used as input for molecular coevolution detection methods. In a second part, I have studied evolution at the genome level, in particular the recombination mechanisms that occur during meiosis. I have looked at the recombination rates along the genomes and its primary cause, the double-strand breaks, but also at the density of other proteins involved in recombination. I also present a method based on Fourier transforms to analyze these genomic signals, and a model for the distribution along the genome of double-strand breaks and recombination proteins. Finally, I present the other tools I have developed. I describe a novel algorithm that can simulate the evolution of genomes in order to benchmark the phylogenetic reconstruction algorithm PhyChro. Finally, I present the R-CLAG package that allows for easy use of the clustering algorithm CLAG
Etude du transcriptome à partir de données de comptages issues de séquençage haut débit by Bogdan Mirauta( )

1 edition published in 2014 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Les technologies de séquençage jouent un rôle croissant dans l'analyse de l'expression des transcrits . La méthode la plus courante de séquençage du transcriptome, RNA-Seq est une méthode d'investigation d'une population de transcrits par cisaillement aléatoire, amplification et séquençage à haut débit. Les données issues du RNA-Seq peuvent être utilisées pour la quantification des niveaux d'expression des transcrits et pour la détection des régions transcrites et demandent des approches bioinformatiques.Nous avons développé des approches statistiques pour l'estimation des niveaux de transcription et l'identification des frontières de transcription sans faire usage de l'annotation existante et pour l'analyse des différences dans l'expression entre deux conditions. La reconstruction du paysage transcriptionel est faite dans un cadre probabiliste (Chaînes de Markov Caché - HMM) ou les variations du niveau de la transcription sont prises en compte en termes de changements brusques et de dérives. Le HMM est complété par une loi d'émission qui capture la variance des comptages dans un transcrit, l'auto-corrélation de courte portée et la fraction des positions avec zéro comptages. L'estimation repose sur un algorithme de Monte Carlo Séquentiel (SMC), le Particle Gibbs, dont le temps d'exécution est plus adapté aux génomes microbiennes. L'analyse des différences dans l'expression (DE) est réalisée sans faire usage de l'annotation existante. L'estimation de DE est premièrement faite à la résolution de position et en suite les régions avec un signal DE continu sont agrégés. Deux programmes nommés Parseq et Pardiff sont disponibles à http://www.lgm.upmc.fr/parseq/
On logical flow graphs by Alessandra Carbone( )

1 edition published in 1993 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Circuits and self-assembling DNA structures by Alessandra Carbone( Book )

1 edition published in 2002 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

Fractal DNA-assembly by Alessandra Carbone( Book )

1 edition published in 2002 in English and held by 1 WorldCat member library worldwide

 
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DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papersDNA computing 11th International Meeting on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 : revised selected papersDNA computing revised selected papersDNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papersDNA Computing (vol. # 3892)
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A graphic apology for symmetry and implicitnessPattern formation in biology, vision and dynamicsDNA computing 11th International Meeting on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 : revised selected papersDNA computing revised selected papersMacromolecular interplay and traffic on DNA : workshop, Evry, France, 2002DNA computing : 11th International Workshop on DNA Computing, DNA11, London, ON, Canada, June 6-9, 2005 ; revised selected papersDNA Computing (vol. # 3892)