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École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)

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Works: 44 works in 44 publications in 2 languages and 46 library holdings
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Publications about École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Publications by École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Most widely held works by École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Etude de l'atténuation scanographique de la paroi bronchique dans l'imagerie de l'inflammation et du remodelage des voies aériennes by Mathieu Lederlin( Book )
1 edition published in 2011 in French and held by 2 libraries worldwide
L'inflammation et le remodelage des voies aériennes sont des processus pathologiques de signification pronostique différente qui caractérisent la plupart des maladies obstructives bronchiques, asthme et bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO) notamment. L'examen histologique de l'inflammation et du remodelage requiert un geste biopsique invasif qui est rarement réalisé en routine. Le développement de méthodes d'évaluation non invasives autoriserait un phénotypage plus précis des patients et le développement de thérapeutiques ciblées. Les progrès de la tomodensitométrie (TDM) ont favorisé l'essor d'une imagerie quantitative permettant des mesures morphométriques des lumières et parois bronchiques. Ces paramètres morphométriques sont corrélés aux indices fonctionnels d'obstruction mais leur manque de standardisation limite leur utilisation en routine. Nous avons étudié chez l'homme et le petit animal des paramètres TDM basés non pas sur la morphométrie mais sur la densitométrie de la paroi bronchique. Nos résultats dans l'asthme et la BPCO indiquent que l'atténuation pariétale bronchique possède une valeur diagnostique au moins équivalente à celle des paramètres morphométriques, est mieux corrélée aux indices d'obstruction fonctionnelle, et pourrait être un marqueur du remodelage dans l'asthme. Chez la souris asthmatique, les paramètres d'atténuation péribronchique extraits d'image de micro-TDM sont aussi corrélés au remodelage histologique. Le concept d'atténuation pariétale bronchique est donc prometteur pour l'étude non invasive du remodelage même si des étapes supplémentaires de validation sont nécessaires pour s'assurer de la reproductibilité des méthodes
Nouvelle stratégie antivirale contre le virus de l'hépatite C détournement du complexe de réplication par des ARN non-codants by Gaëlle Chognard( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 2 libraries worldwide
Le traitement utilisé actuellement contre le virus de l'hépatite C présente une efficacité limitée et induit d'importants effets secondaires. La délivrance de molécules antivirales spécifiquement dans les cellules infectées devrait permettre d'améliorer leur efficacité.Ce travail présente le développement d'une nouvelle approche utilisant à son profit la machinerie de réplication virale pour délivrer une molécule antivirale aux seules cellules infectées. Cette stratégie repose sur l'utilisation d'ARN non codants réplicables (nrRNA) portant les structures reconnues par le complexe de réplication du VHC, encadrant la séquence complémentaire d'un gène antiviral. Le complexe de réplication du VHC réplique le nrRNA comme s'il s'agissait du génome viral, permettant ainsi la synthèse d'un ARN codant à partir duquel la molécule antivirale est exprimée. Les cellules non-infectées n'exprimant pas le complexe de réplication, cette machinerie spécifique peut être utilisée et détournée, de façon à cibler les cellules infectées sans impact sur les cellules saines.Nous montrons ici que cette approche s'avère efficace contre le réplicon (génotype 1b) et le virus JFH-1 (génotype 2a) : les nrRNA induisent une forte baisse de la quantité d'ARN et de complexe de réplication viral. Ces effets sont corrélés à une forte activation de la transcription de différents gènes de la réponse IFN de type I.Nous avons également vérifié l'innocuité de ce système sur les cellules non infectée en utilisant des nrRNA RicineA. La réplication et la traduction de ces nrRNA conduit à la mort cellulaire par inactivation des ribosomes. Mais la viabilité des cellules non infectées par le VHC n'est pas perturbée, signe que les nrRNA RicineA ne sont ni répliqués ni traduits en absence du complexe de réplication viral.La vectorisation des nrRNA a également été développée au moyen de particules lentivirales modifiées. Nous testons désormais la réplication et la traduction des nrRNA dans un modèle murin, en vectorisant ces ARN par injection hydrodynamique ou par l'intermédiaire des particules lentivirales
Déterminisme nutritionnel et génétique de la teneur en lipides musculaires chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) étude par analyse de l'expression de gènes candidats, du protéome et du transcriptome du foie et du muscle by Catherine-Inès Kolditz( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
Ce travail de thèse a eu pour objectif d'identifier les mécanismes majeurs intervenant dans la régulation de l'adiposité musculaire chez la truite arc-en-ciel. Pour cela, nous avons analysé les effets combinés de la sélection génétique et de l'alimentation, facteurs prépondérants de variation de l'adiposité. Deux lignées de truites arc-en-ciel sélectionnées sur la teneur en lipides du muscle dorsal ("muscle gras" et "muscle maigre"), ont été nourries pendant 6 mois avec un régime contenant 10 ou 23% de lipides (% de la matière sèche). Nous avons mesuré l'activité et/ou l'expression d'enzymes clé des principales voies métaboliques intervenant dans l'utilisation de l'énergie, puis développé une analyse différentielle globale à l'échelle du transcriptome (microarray nylon) et du protéome (électrophorèse bidimensionnelle). Ces analyses portent sur le muscle blanc, tissu cible de la sélection, et le foie, carrefour métabolique et site majeur de la lipogenèse chez les poissons. Les résultats obtenus confirment l'effet inhibiteur d'un apport alimentaire riche en lipides sur la lipogénèse et la désaturation des acides gras dans le foie, déjà observé chez des individus de plus grande taille, et fournissent de nouvelles connaissances sur l'effet exercé sur les autres voies, en particulier la protéolyse. Ces analyses ont également permis de mettre en évidence des différences métaboliques existant entre lignées, qui concernent non seulement le métabolisme des lipides mais aussi celui des autres substrats énergétiques. Il apparaît que les deux moyens utilisé pour augmenter la teneur en lipides du muscle mettent en jeu des mécanismes moléculaires différents. Nos travaux ont permis d'identifier deux gènes dont l'expression est augmentée dans le muscle en réponse à un apport alimentaire riche en lipides et par la sélection génétique en faveur d'un indice d'adiposité musculaire élevé, et qui pourraient être des marqueurs moléculaires de l'adiposité musculaire
L'endoréduplication dans le développement du fruit de tomate de la structure à la croissance cellulaire by Matthieu Bourdon( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Tomato fruit development includes massive endopolyploidisation events (DNA duplication inthe absence of mitoses) within pericarp cells, in which 8 DNA levels from 2 C to 256 C are detected atmature green stage.The first part of this work dealt with the study of the spatial distribution of ploidy levels inpericarp. To achieve this purpose, a new method for in situ ploidy assessment was set up using aBAC-FISH protocol. The main results are 1/ the most polyploid cells are located in central mesocarpcell layers; 2/ the most polyploid cells are also the largest cells; 3/ these cells are likely to be alreadypresent in ovary at anthesis. Ploidy mapping has also shown that the final cell size does not dependonly on ploidy level but also on cell location in pericarp, and that endopolyploidization is likely set up intissues before cell expansion.The structure of the polyploid nucleus was studied by using fluorescence microscopy andelectron microscopy. Endopolyploidization profoundly modifies the size and shape of nuclei, whichbecome much larger and acquire a complex shape with deep invaginations. Nucleolus size increases,which is likely related to transcriptional increase. Moreover, the presence of numerous mitochondria inthe close vicinity of the nuclear membrane reinforces the hypothesis of increased nuclear andmetabolic activity in polyploid cells. The BAC-FISH in situ method for ploidy assessment also revealedthat endopolyploidization proceeded through polyteny.In the last part of this work, we screened a tomato Micro-Tom tilling bank for mutants affectedin endopolyploidization. The aim was to use tomato lines with distinct ploidy levels to check theinfluence of ploidy on fruit growth rate. Several mutant families were identified with moderatelyincreased ploidy levels. One of these families exhibited transmissible phenotype through 2generations, with ploidy increased by ca. 30 % and increased pericarp cell size. As these mutants hadalso a strongly pronounced parthenocarpic phenotype, their characterization could not be furtheradvanced in the frame of this work
Etude par microscopie électronique des mécanismes d'action de vecteurs synthétiques pour le transfert de gènes by Olivier Le Bihan( Computer File )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
The vast majority of clinical trials of gene transfer in vivo use viral vectors. Although they are effective, they induce immunogenic, toxic or mutagenic risks. Due to their high modularity and low toxicity, synthetic vectors (non viral), represent a promising alternative despite their lack of effectiveness. The major objective of this work was to understand the mechanism of gene transfer using two prototypic synthetic vectors, in the context of a rational design of new vectors. We studied on cultured cells, the mechanism of action of two cationic lipids; BGTC (bis(guanidinium)-tren-cholesterol) and DOSP (DiOleylamine A-Succinyl-Paromomycine) formulated with plasmid DNA (lipoplexes) which are in vitro efficient vectors. We have been able to visualize by electron microscopy, their intracellular pathways, their structural alterations and their endosomal escape, the latter being a key step in the process of gene transfer. The unambiguous identification of lipoplexes throughout their intracellular trafficking has been made possible thanks to the labelling of DNA by core-shell silica nanoparticles with an electron dense maghemite core (Fe2O3). The labeling strategy has also been applied to study the mechanism of action of a nonionic block copolymer (P188 or Lutrol). Interestingly, these synthetic vectors have an in vivo transfection efficiency in mice lung and muscle tissue while they are totally inefficient in vitro. We have shown that Lutrol induces an increase of DNA internalization into cells and fails to trigger endosomal escape, which would explain the lack of in vitro efficacy. These findings suggest that the in vivo mechanism of action of Lutrol would involve other internalization pathways
Intéractions entre les cannabinoïdes et le gène de la neuréguline 1 comme modèle animal de vulnérabilité à la schizophrénie by Aurélie Boucher( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
L'utilisation du cannabis peut précipiter la schizophrénie, en particulier chez les individus qui présentent une vulnérabilité génétique aux désordres mentaux. Des recherches humaines et animales indiquent que la neuréguline 1 (Nrg1) est un gène de susceptibilité à la schizophrénie. L'objectif de cette thèse est d'examiner si une modification du gène Nrg1 chez des souris mutante module les effets neuronaux et comportementaux des cannabinoïdes après traitement aiguë et chronique. De plus cette thèse examine les effets d'un pré-traitement au delta9-tétrahydrocannabinol, le principal composant psychotropique du cannabis, sur un modèle de flexibilité cognitive chez la souris
Etude de l'assemblage du système d'efflux membranaire MexAB-OprM impliqué dans la résistance aux antibiotiques chez Pseudomonas aeruginosa caractérisation combinée par Microbalance à cristal de quartz avec mesure de dissipation et cryo-tomographie électronique by Sylvain Trépout( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
The structure determination of membrane protein in lipid environment can be carried out using cryo electron microscopy combined with the recent development of data collection and image processing. We describe a protocol to study assemblies or stacks of membrane protein reconstitued into a lipid membrane using both cryo electron tomography and single particle analysis which is an alternative approach to electron crystallography for solving 3D structure. We show the organization of the successive layers of OprM molecules revealing the protein-protein interactions between OprM molecules of two successive lipid bilayers
Caractérisation génomique de facteurs impliqués dans la qualité organoleptique du fruit chez le pêcher (Prunus persica (L.) Batsch) by Karima Boudehri( Computer File )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
La qualité du fruit est un critère incontournable de sélection chez les Rosacées fruitières, et l'acidité constitue une composante majeure de la qualité organoleptique. Toutefois, les mécanismes physiologiques et moléculaires contrôlant l'acidité des fruits restent mal connus. Chez le pêcher, le caractère non acide du fruit est contrôlé par le locus D. Une descendance F2 de 208 individus issus d'un croisement entre une variété de pêche non acide 'Ferjalou Jalousia®' et une variété de nectarine normalement acide, 'Fantasia' (JxF) a été analysée pour différents caractères agronomiques dont l'acidité du fruit. Cette descendance a servi à la réalisation d'une carte génétique et ainsi à la localisation du locus D sur le groupe de liaison 5 (GL5). Ce locus co-localise avec des QTL à effet majeur impliqués dans l'acidité titrable, le pH, la teneur en acides organiques ainsi que des QTL à effet plus faible pour la teneur en sucres solubles. De nombreux gènes candidats impliqués dans la synthèse des acides organiques, la dégradation et le stockage vacuolaire avaient été précédemment étudiés. Cependant, aucun gène candidat n'a encore été cartographié dans la région du locus D, excluant ainsi leur rôle direct dans le contrôle de l'acidité du fruit. Ceci s'explique par la complexité des voies métaboliques des acides organiques et par l'implication de transporteurs, de canaux et de pompes à protons qui rendent l'identification du ou des gène(s) associés au locus D plus complexe par une approche gène candidat. Par conséquent, une approche de clonage positionnel a été menée dans la présente étude afin d'identifier le ou les gène(s) intervenant dans le contrôle de l'acidité du fruit chez le pêcher dans le but de comprendre les mécanismes moléculaires et physiologiques sous-jacents. La recherche de marqueurs liés au locus D a été réalisée par BSA-AFLP. Trente quatre marqueurs AFLP ont été cartographiés sur le GL5 et les six marqueurs les plus proches ont été convertis en marqueurs SCAR codominants. Une carte génétique fine de la région contenant le locus D a ensuite été réalisée à partir d'une descendance F2 élargie à 1 718 individus et à l'aide des six marqueurs SCAR et de trois marqueurs microsatellites précédemment cartographiés dans cette région. L'ensemble des données de génotypage et de phénotypage des individus ayant subi un événement de recombinaison dans la région du locus d'intérêt, a permis la localisation précise du locus D dans un intervalle de 0,4 cM. En parallèle, une banque BAC d'une couverture estimée à 15 fois la taille du génome haploïde du pêcher a été réalisée et son criblage a permis d'évaluer le rapport distance physique/distance génétique dans cette région à 250 kb/cM. Après deux étapes de marche sur le chromosome, une carte physique de la région a été construite en intégrant 16 marqueurs issus du séquençage d'extrémités de BAC. Un clone BAC de 98 kb contenant l'allèle D et un autre de 78 kb contenant l'allèle d ont été séquencés. L'annotation des séquences des deux allèles a mis en évidence onze gènes candidats. De nouveaux marqueurs développés à partir des séquences de ces deux BAC ont ensuite permis de préciser la localisation du locus d'intérêt dans un intervalle de 16 kb. Dans cette région deux gènes ont été identifiés : un gène de résistance et un gène codant pour un transporteur. Une approche transcriptionnelle a été initiée en complément du clonage positionnel afin de fournir un premier élément pouvant confirmer l'implication d'un ou plusieurs gène(s) candidat(s) positionnel(s) dans l'acidité du fruit chez le pêcher
Remaniements fonctionnels des réseaux locomoteurs spinaux au cours du développement de l'amphibien Xenopus laevis en métamorphose by Aude Rauscent( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
Plasticity of the central nervous system is fundamental to an animal's capacity to adapt to continually changing biomechanical and environmental demands. Although the neuronal mechanisms underlying such essential behaviours as locomotion must adapt to an organism's morphological modifications during growth and development, the associated changes that occur in central nervous function remain poorly understood. To address this issue, we have developed a new experimental model - the amphibian Xenopus laevis during its metamorphosis - in which the extreme biomechanical modifications occurring during this critical period necessitate a correspondingly extensive and long-term reorganisation of locomotor neural circuitry within the animal's spinal cord. During metamorphosis, the locomotory strategy of Xenopus shifts from undulatory swimming involving axial tail-based movements, to appendicular propulsion that uses the newly formed limbs. At intermediate metamorphic stages, moreover, the two locomotor strategies coexist within the same animal as the secondary limb-based motor circuitry is progressively replaces the primary axial network as the limbs are added and the tail regresses. By making extracellular recordings of spontaneous "fictive" locomotor patterns generated by isolated brainstem/spinal cord preparations, we have charted the temporal dynamics of the emergence of the appendicular neuronal network and determined its functional relationship with larval axial locomotor circuitry through the metamorphic period. Our results have shown that the limb circuitry is initially present but not functional, functional but subordinate to the embryonic axial network, functionally independent from the axial network, and ultimately alone after axial circuitry disappears with tail resorption. Furthermore, the use of pharmacological approaches established that during the metamorphic transition, the coexisting spinal locomotory networks and their functional interactions are subject to glutamatergic and aminergic modulation in order to adapt locomotory performance to the immediate behavioural needs of the animal. Interestingly, the neuromodulators glutamate, serotonin and noradrenaline exert directly opposing influences on the larval and adult locomotor networks, while dopamine preserves a similar modulatory action on the two circuits in spite of their profound remodelling during metamorphic development. Finally, in addition to a short-term modulatory role, our immunocytochemical evidence suggested that descending aminergic systems may contribute to the long-term maturation of spinal locomotor circuitry during metamorphosis in parallel with their own developmental reconfiguration. Specifically, the appearance and disappearance of a population of intraspinal serotonergic neurons concomitant with hindlimb growth and preceding tail regression suggested a role of serotonin in the maturation of the appendicular locomotor network and/or in the chronology of axial network regression
Biocontrôle des moisissures du genre Fusarium productrices de fumonisines par sélection de bactéries lactiques autochtones de maïs by Doguiet Koffi Denis Dalie( Computer File )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Les Fusarium spp, moisissures généralement mycotoxinogènes, sont responsables d'une pathologie majeure, la fusariose de l'épi chez le maïs. La production de mycotoxines du genre fumonisine dans les grains de maïs par certaines de ces espèces représente un risque potentiel non négligeable pour la santé des consommateurs. En absence des moyens chimiques efficaces de prévention, une des voies les plus prometteuses réside dans l'utilisation de l'antagonisme microbien. Le but de ce travail de thèse a été d'explorer la capacité des bactéries lactiques autochtones du maïs à contrôler la croissance de Fusarium verticillioides et proliferatum, les deux espèces les plus fréquentes parmi les producteurs de fumonisines. Les bactéries lactiques isolées de différents organes du maïs ont été criblées en vu d'évaluer leur activité "anti-Fusarium". Parmi les 67 souches isolées, une souche L006 identifiée comme Pediococcus pentosaceus par des techniques phénotypiques et moléculaires s'est montrée particulièrement très active. Les métabolites "anti-Fusarium" produits par P. pentosaceus L006 sont des métabolites secondaires qui semblent agir en synergie avec l'acide lactique. La production de ces composés dans le milieu MRS est optimale en condition agitée à 200 rpm, à pH 5,5 et à 30°C pendant 120 h. L'étude de l'influence de ces entités sur la production de fumonisines en milieu liquide a mis en évidence une stimulation dans certaines conditions comme entre autres lorsque la souche fusarienne est co-inoculée simultanément avec la bactérie lactique ou inoculée dans une culture bactérienne de trois jours. Cependant, cette étude a démontré que ces entités sont généralement capables de réduire significativement l'accumulation de ces toxines aussi bien en milieu liquide que sur grains de maïs. L'étude de la réduction de la fumonisine B1 en milieu liquide acidifié a montré que P. pentosaceus L006 est capable d'éliminer par adsorption 75% de cette toxine. Ces résultats ouvrent des perspectives pour l'utilisation de la souche L006 de P. pentosaceus pour le biocontrôle des Fusarium spp en vue de la maîtrise de la contamination en fumonisines du maïs et de ses produits dérivés
Caractérisation de l'interaction des protéines IMA/MIF2 et CSN5 au niveau moléculaire et physiologique by Julie Leblond-Castaing( file )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Plants have the ability to form new organs as a result of indeterminate growth ensured by specific regions of pluripotent cells, called meristems. Flowers are produced by the activity of floral meristems which differ from vegetative meristems in their determinate fate. The INHIBITOR OF MERISTEM ACTIVITY (IMA) gene encoding a Mini Zinc Finger (MIF) protein from tomato (Solanum lycopersicum) regulates the processes of flower and ovule development. IMA inhibits cell proliferation during floral termination, controls the number of carpels during floral development and acts as a repressor of the meristem organizing centre gene WUSCHEL (Sicard et al., 2008). We demonstrated that IMA and its Arabidopsis ortholog MIF2 is also involved in a multiple hormonal signalling pathway, as a putative conserved feature for plant MIF proteins (Hu and Ma, 2006). Alike Arabidopsis MIF1, IMA/MIF2 regulates negatively BR, auxin, cytokinin and gibberellin signalling and positively ABA signaling. Using yeast two-hybrid screening experiments, we identified a strong protein-protein interaction between IMA and the signalosome subunit 5 (CSN5). Interestingly the csn5 mutant in Arabidopsis displays pleiotropic developmental defects such as a bushy phenotype originating from the loss of apical dominance and the alteration in sensitivity to darkness and auxin signals. These phenotypes are strikingly similar to what was described for Arabidopsis MIF1 (Hu and Ma, 2006) and tomato IMA overexpressors plants (Sicard et al., 2008), respectively. Taken together our data strongly suggest that IMA may act as an inhibitor of CSN function through its physical interaction with SlCSN5. The observed converse effects of IMA/MIF2 overexpression or deregulation on plant development and the abundance of developmental marker genes further support the notion of a CSN inhibitory control, since the COP9 signalosome through the specific deneddylation activity of the CSN5 subunit regulates plant hormone signalling
Structure et dynamique fonctionnelle du domaine transmembranaire de la protéine SNARE VAMP2 lors de l'exocytose by Benoit Hastoy( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Le maintien de l'homéostasie passe notamment par la sécrétion d'hormones provenant des cellules neuro-endocrines ou endocrines telles que les cellules chromaffines ou les cellules b pancréatiques. Par exemple, la régulation de la glycémie nécessite l'exocytose de l'insuline depuis les cellules b pancréatiques des îlots de Langerhans. Une famille de protéines membranaires est au cœur de la machinerie de fusion d'une vésicule avec la membrane plasmique. Ce groupe appelé, la famille des protéines SNARE est composé de trois protéines. VAMP2 est localisée à la membrane vésiculaire alors que syntaxine 1A et SNAP25 sont localisées à la membrane plasmique. Syntaxine 1A et VAMP2 ont un domaine transmembranaire alors que SNAP25 est reliée à la membrane par prénylation de résidus cystéine. Cette famille forme le complexe cytosolique SNARE décrit comme essentiel à l'exocytose. La structure et la fonction du complexe cytosolique ont été étudiées en profondeur et ont mené au modèle du "zipper". Celui-ci décrit un enroulement progressif des domaines cytosoliques SNARE permettant l'apposition des membranes puis la fusion. Le rôle des domaines transmembranaires reste encore peu décrit. Pourtant, leur étude est nécessaire afin d'établir un modèle complet de la fusion membranaire par les protéines SNARE. Nous avons donc mené une étude alliant une analyse structurale dynamique à une analyse biologique pour déterminer l'importance du domaine transmembranaire de VAMP2 dans la sécrétion. L'analyse biologique représente donc le centre de ma thèse. Le système biologique utilisé est basé sur l'extinction de l'expression de la protéine VAMP2 endogène et l'expression concomitante d'une protéine VAMP2 mutée dans son domaine transmembranaire. Deux lignées cellulaires considérées comme des modèles dans l'étude de la sécrétion hormonale et du trafic vésiculaire ont servi de support à notre étude. Par des approches de microscopies (confocal, TIRF) et d'analyses biochimiques, nous avons observé les conséquences fonctionnelles des mutations ponctuelles, établis par mutagénèse dirigée, sur le trafic vésiculaire et sur la capacité des cellules à sécréter.Les mutations induites présentent différents effets cellulaires. Certaines bloquent la sortie de VAMP2 du réseau golgien alors que d'autres ont un effet important sur la sécrétion hormonale et plus précisément sur l'exocytose. Les études structurales ont permis de corréler ces effets avec une diminution de la flexibilité structurale dans le cas de la diminution de l'exocytose, ou avec une restriction à la conformation hélice alpha dans le cas du sorting. Ce projet pluridisciplinaire a pu mettre en avant le rôle biologique du domaine transmembranaire de VAMP2 au cours de l'exocytose probablement soutenue par la dynamique conformationelle unique observée par le versant structural du projet
Etude des déficits de mémoire relationnelle/déclarative au cours du vieillissement chez la souris approche systémique by Laurent Brayda-Bruno( Computer File )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Cette thèse s'inscrit dans la thématique de l'identification des bases neurobiologiques du déclin de la mémoire déclarative (MD) lié au vieillissement. Deux difficultés principales sont à noter : 1) la modélisation animale de la MD, mémoire typiquement humaine et 2) le manque d'intégration des différents niveaux d'analyse du fonctionnement cérébral. Nos travaux ont contribué à résoudre ces deux problèmes par le développement d'un modèle murin du déclin de MD lié au vieillissement, associé une approche d'imagerie fonctionnelle de l'expression de la protéine Fos. Une première série de résultats montre que la perturbation du système cholinergique au cours du vieillissement s'accompagne d'une modification de l'activité des systèmes de mémoire. Une deuxième série montre que le déficit de MD observé au cours du vieillissement est attribuable au dysfonctionnement d'un composant de la mémoire à court terme/de travail, le tampon épisodique, sous-tendu par le CA1 hippocampique
Mécanismes cellulaires et moléculaires à l'origine des dissociations de la mémoire spatiale chez la souris implication de la voie transcriptionnelle CREB by Yves Porte( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
De nombreuses données suggèrent que l'activation/phosphorylation du facteur de transcription CREB (cAMP Responsive Element Binding protein, pCREB) est nécessaire à la consolidation mnésique, notamment dans les tâches dépendantes de l'hippocampe (HPC). Au laboratoire, il a été récemment montré, dans deux paradigmes de conditionnement classique, que la consolidation des associations contexte-choc (HPC-dépendante) vs son-choc (amygdale-dépendante), est associée à l'établissement de cinétiques pCREB différentielles dans l'HPC (respectivement biphasique vs monophasique). Partant de ces données, nos travaux ont porté sur l'étude des cinétiques de la voie transcriptionnelle CREB-gènes précoces lors de la consolidation ou de la perturbation (vieillissement, extinction) d'une mémoire spatiale acquise en piscine de Morris. L'analyse des niveaux de pCREB au cours de l'entraînement met en évidence un recrutement différentiel des structures examinées selon la phase d'apprentissage, et nous a ainsi permis d'illustrer la théorie d'interaction des systèmes de mémoire. L'étude détaillée de la cinétique d'activation de CREB en fin d'apprentissage (lorsque la mémoire est bien consolidée) met en évidence des patrons d'activité pCREB qui varient selon la structure considérée (biphasique dans le CA1 vs monophasique ou inexistant dans les autres structures). La durée et l'amplitude de l'activation de CREB reflètent (1) le niveau d'implication de la structure cérébrale considérée dans le traitement des informations spatiales et (2) le degré de maîtrise de la tâche. L'analyse des patrons d'activation de CREB chez des souris âgées révèle que les déficits de mémoire spatiale dus au vieillissement sont associés à une altération sélective de la cinétique pCREB et à une diminution de la production de protéine Fos dans le CA1. Enfin, nous montrons que l'extinction de la mémoire spatiale induit des altérations spécifiques du patron d'activation de CREB dans le l'HPC (CA1) et l'amygdale selon que l'extinction est effectuée par retrait ou changements successifs de la position de la plate-forme. Dans leur ensemble, nos données mettent en lumière le rôle crucial de l'activation de la voie transcriptionnelle CREB dépendante dans l'aire CA1, dans une fenêtre temporelle extrêmement fine, pour le traitement des informations spatiales
Caractérisation de la diversité épigénétique chez différentes espèces cultivées et sauvages de tomate by Massimo Rainieri( file )
1 edition published in 2012 in English and held by 1 library worldwide
La tomate (Solanum lycopsersicum), qui forme un clade monophylétique restreint au sein de la large famille des Solanacées, est utilisée comme modèle pour l'analyse du génome, et le développement du fruit. A ce jour, de nombreux efforts ont été consacrés à l'analyse de la diversité génétique des espèces de tomate. Cependant peu de travaux ont porté sur l'analyse de la diversité épigénétique, alors qu'il est aujourd'hui admis que les processus épigénétiques jouent un rôle essentiel dans la diversité phénotypique. Dans un premier temps, le niveau de méthylation de l'ADN a été comparé dans les feuilles et les fruits de différentes variétés de tomates sauvages et cultivées. Puis la famille des gènes Enhancer of zeste (E (z)) a été analysée. Chez la tomate, cette famille comprend deux gènes fonctionnels ainsi qu'un pseudogène. Finalement la stabilité épigénétique reste un facteur majeur pouvant avoir un impact essentiel sur les stratégies de sélection végétales. En outre nous avons fait une caractérisation fine des différents aspects du développement du fruit et de la maturation
Caractérisation phénotypique de l'espèce Torulaspora delbrueckii en conditions œnologiques. Application à la co-inoculation avec l'espèce Saccharomyces cerevisiae by Philippe-Emmanuel Renault( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
La caractérisation phénotypique de l'espèce Torulaspora delbrueckii en conditions œnologiques, à partir de l'étude d'un grand nombre de souches, a permis de mettre en évidence une grande variabilité au sein de cette espèce. En effet, les souches de T.delbrueckii présentent des différences au niveau des durées de phase de latence et de fermentation, des capacités biotiques mais aussi des productions d'éthanol (maximum 12% vol.). Cette variabilité se retrouve également pour la production d'acidité volatile, de glycérol et de certains arômes. Ce travail confirme les faibles productions d'acidité volatile et de glycérol de cette espèce et met en évidence une réponse au stress osmotique différente de celle de l'espèce Saccharomyces cerevisiae. Au final, l'espèce T. delbrueckii présente une grande "pureté" de fermentation et produit peu de composés indésirables comme le sulfure d'hydrogène, les phénols volatils, l'acetoïne, l'acétaldéhyde et le diacétyle. La réalisation de co-inoculations T. delbrueckii / S. cerevisiae sur moûts liquoreux, permet une réduction systématique de l'acidité volatile des vins, en comparaison à une fermentation pure de l'espèce S. cerevisiae, quelque soit la souche de T. delbrueckii utilisée. De plus, la souche T. delbrueckii OXT1 1//2 a permis de complexifier la composition aromatique d'un moût sec issu du cépage Sauvignon blanc (esters fermentaires +25%, phényl-2-éthanol +51% et thiols volatils +31%). Enfin, la mise au point d'un fermenteur à double compartiment, avec une séparation physique des levures tout en conservant l'homogénéité du milieu de culture, a permis d'aborder l'étude des interactions entre ces 2 espèces. Des inhibitions de type "cell-cell contact" ont ainsi été mises en évidence
Localisation et caractérisation des tannins dans la pellicule du raisin impact de l'organisation physico-chimique des parois cellulaires sur la composante tannique, la qualité du fruit et la typicité des raisins de Bordeaux by Soizic Lacampagne( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Qualité du fruit et la typicité des raisins de Bordeaux.La maturation de la pellicule du raisin est un phénomène complexe, caractérisé par de nombreux changements structuraux importants et par l'accumulation de composés œnologiques tels que les tannins. Malgré leurs propriétés biologiques et organoleptiques essentielles pour la qualité des fruits et des vins, peu de travaux concernent l'organisation et la localisation de ces composés au sein du tissu pelliculaire. Dans la pellicule, les tannins peuvent être plus ou moins liés aux constituants cellulaires modulant ainsi leur extractibilité lors des processus de vinification. Notre travail, basé sur des approches biochimiques, moléculaires et microscopiques, apporte des données nouvelles sur la biosynthèse, la localisation et l'organisation des tannins dans la pellicule. Au sein de ce tissu, nous avons souligné l'importance des tannins pariétaux et montré que leurs caractéristiques physico-chimiques dépendaient entre autre des changements structuraux des parois. Ainsi, cette organisation caractérise en partie la texture de la pellicule et conditionne la qualité du fruit. Pour appréhender l'évolution des critères de texture de la pellicule au cours de la maturation du raisin, l'analyse sensorielle des baies et la mesure par pénétrométrie s'avèrent être des outils pertinents
Expression et fonction des présénilines vasculaires et exploration de l'hypothèse vasculaire de la Maladie d'Alzheimer by Xavier Toussay( Computer File )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
Presenilins PS1 and PS2 are involved in several cellular functions through their ?- secretase proteolytic activity, which cleaves many substrates including the amyloid precursor protein (APP). Mutations in presenilins genes are responsible for the majority of familial forms of Alzheimer's disease (AD). Presenilins mutations increased production of ß-amyloid peptide (Aß) that accumulates in the brain parenchyma and the vascular wall, and affect calcium signals in several cell types. The vasculature of patients with AD is structurally and functionally affected before cognitive impairment appearance. In addition, cardiovascular diseases are major risk factors for sporadic forms of AD. As the molecular basis of the vasculopathy associated with AD is not established, we chose presenilins as target molecule in the vascular system. We showed the expression of presenilin and protein partners of ?-secretase complex, nicastrin, Aph-1 and Pen-2 in cerebral and peripheral blood vessels. Vascular wall generate a ?-secretase activity and production of pathogenic Aß peptides supporting the hypothesis of vascular origin of Aß in amyloid pathology. Furthermore, PS1 mutations disturb intracellular calcium signalling in cerebral arteries by first increasing channel activity of Ca2+ release activated by IP3 (IP3R) and second increasing reuptake of Ca2+ by Sarco/Endoplasmic Reticulum Ca2+-ATPase pump (SERCA). Dysregulation of calcium homeostasis by the mutant presenilins might affect vascular reactivity of cerebral vessels. In conclusion, we demonstrated the physiological importance of presenilins in the vascular network and our studies provide new insight on how cerebral blood vessels are involved in the onset of clinical symptoms of AD such as the overproduction of Aß and cerebral hypoperfusion
Les facteurs de transcription MYB et la régulation de la biosynthèse des flavonoïdes dans la baie de raisin analyse fonctionnelle et identification de nouveaux candidats by Thilia Ferrier( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
Flavonoids, like anthocyanins, flavonols and condensed tannins, are key elements of he organoleptic quality of grape berries. In plants, expression of genes encoding enzymes of he flavonoid biosynthetic pathway is controlled by small protein complexes organised around MYB transcription factors. In the present work, we first focused on the regulatory mechanisms of VvMyb5a expression and on the biological activity of the corresponding protein. Promoter analysis indicated that VvMyb5a expression is probably mainly controlled by hormones. A yeast two-hybrid screen revealed that VvMyb5a can interact with a GAMYB ype protein kinase and a WD40 protein. In a second time, global transcriptome analysis of grapevine natural mutants deficient in anthocyanin biosynthesis led to the identification of wo new MYB genes, named VvMybPA1 and VvMyb24. Differential expression of these two genes in red and white berry skins was confirmed by RT-PCR and their functional characterizations have been initiated in Arabidopsis thaliana
 
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