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École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)

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Works: 50 works in 51 publications in 2 languages and 51 library holdings
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Publications about École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Publications by École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Most widely held works by École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Comportement de Scaphoideus titanus, conséquences spatiales et démographiques by Julien Chuche( Book )
2 editions published in 2010 in French and held by 2 libraries worldwide
The Flavescence dorée is an incurable phytoplasma disease of grapevine. This pathology is exclusively transmitted from plant to plant by the leafhopper vector Scaphoideus titanus. Despite the importance of this disease, few studies have been conducted on the vector. This thesis aims to provide knowledge on the biology and ecology of S. titanus but also more broadly on the ecology of phytophagous insects. Three major themes were addressed in this thesis: i) the relationships between the insect and its environment through the influence of winter temperatures on diapausing eggs, ii) the relationships of the insect with its host plant by examining the attractiveness of the plant and the feeding behaviour of the vector, iii) interactions between congeners in the study of the aggregative behaviour of larvae. Our results indicate that 1) cold temperatures are not essential to break the diapause but contribute to protandry through operational sex ratio regulation, 2) the attractiveness of the host plant is largely due to its colour and different instars exhibit differences in behavioural choices, 3) males and females have different feeding behaviour which may explain their different efficiencies at vection, 4) the aggregation of larvae did not seem to result from active recruitment and could contribute to horizontal insect to insect transfer of phytoplasma through the plant. Such knowledge can contribute to the development of alternative S. titanus pest management techniques
Caractérisation de la diversité épigénétique chez différentes espèces cultivées et sauvages de tomate by Massimo Rainieri( file )
1 edition published in 2012 in English and held by 1 library worldwide
Tomato (Solanum lycopsersicum) which forms a small monophyletic clade within the large Solanaceae family has been chosen as a model system for studying the Solanaceae genome, fruit development and ripening. At that time, many efforts have been devoted to the analysis of the genetic diversity of tomato species, little work has focused on the analysis epigenetic diversity in this clade, although there is a general agreement that epigenetic processes play essential role in the phenotypic diversity in animal and plant system. As first step, DNA methylation level was analyzed in leaves and fruits of various wild and cultivated tomato species.Additionally, the Enhancer of zest (E(z)) gene family has been analyzed. In tomato, the E(z) family consists in two functional genes (SlEZ1, SlEZ2) and in a pseudogene (SlEZ3). In addition, the epigenetic stability is an important consideration that could have a significant on strategies for crop breading. Finally, we made a fine characterization of the different aspects of fruit development and ripening
Etude des déficits de mémoire relationnelle/déclarative au cours du vieillissement chez la souris approche systémique by Laurent Brayda-Bruno( Computer File )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Cette thèse s'inscrit dans la thématique de l'identification des bases neurobiologiques du déclin de la mémoire déclarative (MD) lié au vieillissement. Deux difficultés principales sont à noter : 1) la modélisation animale de la MD, mémoire typiquement humaine et 2) le manque d'intégration des différents niveaux d'analyse du fonctionnement cérébral. Nos travaux ont contribué à résoudre ces deux problèmes par le développement d'un modèle murin du déclin de MD lié au vieillissement, associé une approche d'imagerie fonctionnelle de l'expression de la protéine Fos. Une première série de résultats montre que la perturbation du système cholinergique au cours du vieillissement s'accompagne d'une modification de l'activité des systèmes de mémoire. Une deuxième série montre que le déficit de MD observé au cours du vieillissement est attribuable au dysfonctionnement d'un composant de la mémoire à court terme/de travail, le tampon épisodique, sous-tendu par le CA1 hippocampique
Mécanismes cellulaires et moléculaires à l'origine des dissociations de la mémoire spatiale chez la souris implication de la voie transcriptionnelle CREB by Yves Porte( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
De nombreuses données suggèrent que l'activation/phosphorylation du facteur de transcription CREB (cAMP Responsive Element Binding protein, pCREB) est nécessaire à la consolidation mnésique, notamment dans les tâches dépendantes de l'hippocampe (HPC). Au laboratoire, il a été récemment montré, dans deux paradigmes de conditionnement classique, que la consolidation des associations contexte-choc (HPC-dépendante) vs son-choc (amygdale-dépendante), est associée à l'établissement de cinétiques pCREB différentielles dans l'HPC (respectivement biphasique vs monophasique). Partant de ces données, nos travaux ont porté sur l'étude des cinétiques de la voie transcriptionnelle CREB-gènes précoces lors de la consolidation ou de la perturbation (vieillissement, extinction) d'une mémoire spatiale acquise en piscine de Morris. L'analyse des niveaux de pCREB au cours de l'entraînement met en évidence un recrutement différentiel des structures examinées selon la phase d'apprentissage, et nous a ainsi permis d'illustrer la théorie d'interaction des systèmes de mémoire. L'étude détaillée de la cinétique d'activation de CREB en fin d'apprentissage (lorsque la mémoire est bien consolidée) met en évidence des patrons d'activité pCREB qui varient selon la structure considérée (biphasique dans le CA1 vs monophasique ou inexistant dans les autres structures). La durée et l'amplitude de l'activation de CREB reflètent (1) le niveau d'implication de la structure cérébrale considérée dans le traitement des informations spatiales et (2) le degré de maîtrise de la tâche. L'analyse des patrons d'activation de CREB chez des souris âgées révèle que les déficits de mémoire spatiale dus au vieillissement sont associés à une altération sélective de la cinétique pCREB et à une diminution de la production de protéine Fos dans le CA1. Enfin, nous montrons que l'extinction de la mémoire spatiale induit des altérations spécifiques du patron d'activation de CREB dans le l'HPC (CA1) et l'amygdale selon que l'extinction est effectuée par retrait ou changements successifs de la position de la plate-forme. Dans leur ensemble, nos données mettent en lumière le rôle crucial de l'activation de la voie transcriptionnelle CREB dépendante dans l'aire CA1, dans une fenêtre temporelle extrêmement fine, pour le traitement des informations spatiales
Biocontrôle des moisissures du genre Fusarium productrices de fumonisines par sélection de bactéries lactiques autochtones de maïs by Doguiet Koffi Denis Dalie( Computer File )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Les Fusarium spp, moisissures généralement mycotoxinogènes, sont responsables d'une pathologie majeure, la fusariose de l'épi chez le maïs. La production de mycotoxines du genre fumonisine dans les grains de maïs par certaines de ces espèces représente un risque potentiel non négligeable pour la santé des consommateurs. En absence des moyens chimiques efficaces de prévention, une des voies les plus prometteuses réside dans l'utilisation de l'antagonisme microbien. Le but de ce travail de thèse a été d'explorer la capacité des bactéries lactiques autochtones du maïs à contrôler la croissance de Fusarium verticillioides et proliferatum, les deux espèces les plus fréquentes parmi les producteurs de fumonisines. Les bactéries lactiques isolées de différents organes du maïs ont été criblées en vu d'évaluer leur activité "anti-Fusarium". Parmi les 67 souches isolées, une souche L006 identifiée comme Pediococcus pentosaceus par des techniques phénotypiques et moléculaires s'est montrée particulièrement très active. Les métabolites "anti-Fusarium" produits par P. pentosaceus L006 sont des métabolites secondaires qui semblent agir en synergie avec l'acide lactique. La production de ces composés dans le milieu MRS est optimale en condition agitée à 200 rpm, à pH 5,5 et à 30°C pendant 120 h. L'étude de l'influence de ces entités sur la production de fumonisines en milieu liquide a mis en évidence une stimulation dans certaines conditions comme entre autres lorsque la souche fusarienne est co-inoculée simultanément avec la bactérie lactique ou inoculée dans une culture bactérienne de trois jours. Cependant, cette étude a démontré que ces entités sont généralement capables de réduire significativement l'accumulation de ces toxines aussi bien en milieu liquide que sur grains de maïs. L'étude de la réduction de la fumonisine B1 en milieu liquide acidifié a montré que P. pentosaceus L006 est capable d'éliminer par adsorption 75% de cette toxine. Ces résultats ouvrent des perspectives pour l'utilisation de la souche L006 de P. pentosaceus pour le biocontrôle des Fusarium spp en vue de la maîtrise de la contamination en fumonisines du maïs et de ses produits dérivés
Localisation et caractérisation des tannins dans la pellicule du raisin impact de l'organisation physico-chimique des parois cellulaires sur la composante tannique, la qualité du fruit et la typicité des raisins de Bordeaux by Soizic Lacampagne( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Qualité du fruit et la typicité des raisins de Bordeaux.La maturation de la pellicule du raisin est un phénomène complexe, caractérisé par de nombreux changements structuraux importants et par l'accumulation de composés œnologiques tels que les tannins. Malgré leurs propriétés biologiques et organoleptiques essentielles pour la qualité des fruits et des vins, peu de travaux concernent l'organisation et la localisation de ces composés au sein du tissu pelliculaire. Dans la pellicule, les tannins peuvent être plus ou moins liés aux constituants cellulaires modulant ainsi leur extractibilité lors des processus de vinification. Notre travail, basé sur des approches biochimiques, moléculaires et microscopiques, apporte des données nouvelles sur la biosynthèse, la localisation et l'organisation des tannins dans la pellicule. Au sein de ce tissu, nous avons souligné l'importance des tannins pariétaux et montré que leurs caractéristiques physico-chimiques dépendaient entre autre des changements structuraux des parois. Ainsi, cette organisation caractérise en partie la texture de la pellicule et conditionne la qualité du fruit. Pour appréhender l'évolution des critères de texture de la pellicule au cours de la maturation du raisin, l'analyse sensorielle des baies et la mesure par pénétrométrie s'avèrent être des outils pertinents
Caractérisation génomique de facteurs impliqués dans la qualité organoleptique du fruit chez le pêcher (Prunus persica (L.) Batsch) by Karima Boudehri( Computer File )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
Acidity is an essential component of the organoleptic quality of fleshy fruits. However, the physiological and molecular mechanisms that control fruit acidity remain unclear. In peach low-acidity is determined at the D locus by the dominant allele. A peach progeny of 208 F2 individuals obtained from a cross between 'Ferjalou Jalousia®' (a low-acid peach) and 'Fantasia' (a normally acid nectarine) varieties (JxF) was analyzed for several agronomical traits. This peach F2 progeny segregating for several mendelian traits, was analyzed for fruit quality traits including fruit acidity and used for the construction of a genetic linkage map. The D locus was mapped to the proximal end of linkage group 5 (LG5) and co-localized with major QTLs involved in the control of fruit pH, titratable acidity and organic acid concentration and minor QTLs for sugar concentration. Several candidate genes involved in organic acids synthesis, degradation or vacuolar storage have previously been studied. However, none of these candidate genes were located on in the region of the D locus, excluding their direct role in the control of fruit acidity by the D locus. The complexity of organic acids metabolic pathways as well as the involvement of transporters and channels and related proton pumps has hampered, so far, the identification of the gene(s) associated to the D locus using a candidate gene approach. Thus, in order to investigate the molecular and physiological bases of fruit acidity in peach, a positional cloning strategy of the D locus was undertaken for the isolation of the gene(s) underlying this trait. Using a BSA-AFLP method, 34 AFLP markers were mapped to the LG5, and the six nearest markers were transformed into codominant SCAR markers. These SCAR markers and three previously mapped SSR markers were used to genotype an F2 segregating progeny extended to 1,718 F2 individuals. A high-resolution map of the D locus was realized after genotyping and phenotyping recombinant individuals. Using these recombinant plants we delimited the D locus to a genetic interval of 0.4 cM. We also constructed a peach BAC library with a covering estimated at 15 x the peach haploid genome. The screening of the BAC library with tightly linked markers indicated that 1 cM corresponds to 250 kb at the vicinity of the D locus and allowed the construction of the physical map in two walks integrating 16 markers obtained from the BACends sequences. Two BAC clones harbouring the D locus were identified and sequenced; one BAC clone of 98 kb containing the D dominant allele and another one of 78 kb containing the d recessive allele. Eleven predicted genes were found in the sequenced region. A new set of markers was developed which allowed the localization of the D locus in a 16 kb interval. In this region, two genes were identified: a resistance gene and a gene encoding for a transporter. A transcriptional approach was initiated in addition to the positional cloning strategy to provide a first element which could confirm the involvement of one or more identified positional candidate gene(s) in the control of peach fruit acidity
Étude des paramètres affectant le transfert d'oxygène dans les vins by Igor Chiciuc( Computer File )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Micro-oxygenation of the wines, by the dispersion of oxygen bubbles, is a practice increasingly used in oenology. This technique is not always suitably controlled for lack of scientific knowledge on the parameters governing the transfer of oxygen. Research was focused on the study of transfer coefficients in function of wine components (CO2, ethanol, sucrose, consuming oxygen) and of operating conditions (type of diffuser, temperature, relationship between height and diameter of the container of liquid). The results show that during micro-oxygenation, the dissolved carbon dioxide and the sucrose have a negative incidence on the transfer whereas the presence of ethanol improves the transfer. As operating conditions are concerned, the increase in gas output and the increase in micro-oxygenation tank height/diameter ratio positively influence oxygen transfer. For wines, the specific surface of the bubbles and the mass transfer coefficient could be dissociated. The surfactant nature of wine components seems to be the most important factor in mass transfer. The knowledge so acquired was applied to micro-oxygenation during two stages of wine making: alcoholic fermentation with the oxygen yield control and the simulation of ageing technique in barrels coupled with the wood chips addition. A new approach relates to the study of a membrane contactor application allowing the oxygen transfer by diffusion
Caractérisation phénotypique de l'espèce Torulaspora delbrueckii en conditions œnologiques. Application à la co-inoculation avec l'espèce Saccharomyces cerevisiae by Philippe-Emmanuel Renault( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
La caractérisation phénotypique de l'espèce Torulaspora delbrueckii en conditions œnologiques, à partir de l'étude d'un grand nombre de souches, a permis de mettre en évidence une grande variabilité au sein de cette espèce. En effet, les souches de T.delbrueckii présentent des différences au niveau des durées de phase de latence et de fermentation, des capacités biotiques mais aussi des productions d'éthanol (maximum 12% vol.). Cette variabilité se retrouve également pour la production d'acidité volatile, de glycérol et de certains arômes. Ce travail confirme les faibles productions d'acidité volatile et de glycérol de cette espèce et met en évidence une réponse au stress osmotique différente de celle de l'espèce Saccharomyces cerevisiae. Au final, l'espèce T. delbrueckii présente une grande "pureté" de fermentation et produit peu de composés indésirables comme le sulfure d'hydrogène, les phénols volatils, l'acetoïne, l'acétaldéhyde et le diacétyle. La réalisation de co-inoculations T. delbrueckii / S. cerevisiae sur moûts liquoreux, permet une réduction systématique de l'acidité volatile des vins, en comparaison à une fermentation pure de l'espèce S. cerevisiae, quelque soit la souche de T. delbrueckii utilisée. De plus, la souche T. delbrueckii OXT1 1//2 a permis de complexifier la composition aromatique d'un moût sec issu du cépage Sauvignon blanc (esters fermentaires +25%, phényl-2-éthanol +51% et thiols volatils +31%). Enfin, la mise au point d'un fermenteur à double compartiment, avec une séparation physique des levures tout en conservant l'homogénéité du milieu de culture, a permis d'aborder l'étude des interactions entre ces 2 espèces. Des inhibitions de type "cell-cell contact" ont ainsi été mises en évidence
Intéractions entre les cannabinoïdes et le gène de la neuréguline 1 comme modèle animal de vulnérabilité à la schizophrénie by Aurélie Boucher( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
L'utilisation du cannabis peut précipiter la schizophrénie, en particulier chez les individus qui présentent une vulnérabilité génétique aux désordres mentaux. Des recherches humaines et animales indiquent que la neuréguline 1 (Nrg1) est un gène de susceptibilité à la schizophrénie. L'objectif de cette thèse est d'examiner si une modification du gène Nrg1 chez des souris mutante module les effets neuronaux et comportementaux des cannabinoïdes après traitement aiguë et chronique. De plus cette thèse examine les effets d'un pré-traitement au delta9-tétrahydrocannabinol, le principal composant psychotropique du cannabis, sur un modèle de flexibilité cognitive chez la souris
Incidence de l'oxydation des composés phénoliques sur la composante aromatique des vins blancs by Maria Nikolantonaki( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Oxidation reactions involving phenolics might change wines chemical and sensory profile. The present work concern the study of reactional mechanisms implying certain volatile thiols, responsible of distinctiveness and complexity of various wines, with white wines oxidized phenolic compounds, mainly flavan-3-ols. In a model wine solution, a different volatile thiol reactivity pattern according to their chemical nature with respect to oxidized flavan-3-ols forms was established. The adducts synthesis and characterization by NMR between the principal white musts and wines phenolic compounds and the 3-sulfanylhexanol, presenting citrus fruits nuances, were carried out under chemical and enzymatic oxidation conditions. Their formation monitoring by HPLC-ESI-MS highlighted a specific reactivity of thiol with polyphenolic substrate and established the catalytic role of metals (Fe2+) as well as, the antioxidant effect of sulphur dioxide into these mechanisms. The comprehension of fundamental mechanisms for the reactivity of (+)-catechin and of (-)-epicatechin with volatile thiols in oenological conditions enabled us to elucidate the influence of flavan-3-ols into white wines aroma compounds during wine making and ageing
Dépendance aux drogues opiacées focus sur le système corticotropin-releasing factor by Khalil Adnane Rouibi( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Opiate illicit use represents one of the most severe sanitary problems throughout the world. Among humans, the emergence of the opiate withdrawal (OW) syndrome after cessation of opiate intake is considered as one of the key motivational elements that lead to the vulnerability to opiates relapse. Therefore, the OW is characterized by a various alterations of the behavioral and neurobiological homeostasis responses to stress which are determinants in opiate dependence. The Corticotropin-releasing factor (CRF) system is the major coordinator of stress-responsive circuitry. Through its two receptors CRF1 and CRF2, the CRF system has recently emerged as major contributor in the development of components of the OW syndrome. The aim of this thesis is to determine the role of CRF2 receptor in the negative affective states and motivational disorders implicated in opiate relapse during OW.Behavioral and biological experiments were conducted in CRF2 receptor-deficient mice (CRF2-/-). We reported that genetic deletion of the CRF2 receptor eliminates dysphoria and molecular alterations elicited by OW without impairing brain, neuroendocrine and autonomic stress-coping responses to withdrawal. Using behavioral approaches of operant responding to highly palatable food (HPF) we found that CRF2-/- reduces motivational disorders induced by intermittent morphine injections and withdrawal. Finally, we described a mouse model of stress-induced food reinstatement seeking behavior during prolonged OW. Furthermore, we reported a gender dimorphism in the role of the CRF2 receptor in the stress-induced reinstatement of HPF seeking behavior long-lasing after opiate treatment.These findings underscore the importance of CRF2 receptor as possible effective treatment of the critical problem of opiate dependence
Les facteurs de transcription MYB et la régulation de la biosynthèse des flavonoïdes dans la baie de raisin analyse fonctionnelle et identification de nouveaux candidats by Thilia Ferrier( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
Les flavonoïdes (anthocyanes, flavonols et proanthocyanidines) sont des éléments clés de la qualité organoleptique des baies de raisin. Chez les végétaux, l'expression des gènes de la voie de biosynthèse de ces composés est contrôlée par des complexes protéiques organisés autour des facteurs de transcription de type MYB. Dans le cadre de cette thèse, une première approche s'est intéressée aux mécanismes de régulation de l'expression du gène VvMyb5a et de l'activité biologique de la protéine codée par ce gène. L'analyse du promoteur VvMyb5a a montré que son activité au cours du développement de la baie serait plutôt placée sous contrôle hormonal. Des expériences de double hybride ont révélé que la protéine VvMyb5a pouvait interagir avec une protéine kinase de type GAMYB et une protéine WD40. Une deuxième approche, basée sur l'analyse globale du transcriptome de mutants naturels de vigne affectés dans la biosynthèse des anthocyanes, a permis d'identifier deux nouveaux gènes MYB nommés VvMybPA1 et VvMyb24. L'expression différentielle de ces gènes dans des baies de cépages rouges et blancs a été confirmée et leurs caractérisations fonctionnelles ont été engagées chez Arabidopsis thaliana
Etude par microscopie électronique des mécanismes d'action de vecteurs synthétiques pour le transfert de gènes by Olivier Le Bihan( Computer File )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
The vast majority of clinical trials of gene transfer in vivo use viral vectors. Although they are effective, they induce immunogenic, toxic or mutagenic risks. Due to their high modularity and low toxicity, synthetic vectors (non viral), represent a promising alternative despite their lack of effectiveness. The major objective of this work was to understand the mechanism of gene transfer using two prototypic synthetic vectors, in the context of a rational design of new vectors. We studied on cultured cells, the mechanism of action of two cationic lipids; BGTC (bis(guanidinium)-tren-cholesterol) and DOSP (DiOleylamine A-Succinyl-Paromomycine) formulated with plasmid DNA (lipoplexes) which are in vitro efficient vectors. We have been able to visualize by electron microscopy, their intracellular pathways, their structural alterations and their endosomal escape, the latter being a key step in the process of gene transfer. The unambiguous identification of lipoplexes throughout their intracellular trafficking has been made possible thanks to the labelling of DNA by core-shell silica nanoparticles with an electron dense maghemite core (Fe2O3). The labeling strategy has also been applied to study the mechanism of action of a nonionic block copolymer (P188 or Lutrol). Interestingly, these synthetic vectors have an in vivo transfection efficiency in mice lung and muscle tissue while they are totally inefficient in vitro. We have shown that Lutrol induces an increase of DNA internalization into cells and fails to trigger endosomal escape, which would explain the lack of in vitro efficacy. These findings suggest that the in vivo mechanism of action of Lutrol would involve other internalization pathways
Nouvelle stratégie antivirale contre le virus de l'hépatite C détournement du complexe de réplication par des ARN non-codants by Gaëlle Chognard( Book )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
The current treatment used against Hepatitis C Virus has a limited efficacy and is often hampered by the induction of side-effects. The specific delivery of antiviral proteins in infected cells should increase their efficiency and reduce their impact on healthy cells.Here, we describe the development of a new approach which takes advantage of the viral replication machinery to specifically target the antiviral protein expression to the infected cells. The strategy is based on the delivery of a non-coding replicative RNA (nrRNA) carrying the structures required for the binding of the viral replication complex, flanking the complementary sequence of an antiviral gene. The HCV replication complex replicates the nrRNA similarly to the viral genome to give a coding RNA from which the antiviral protein will be expressed. As non-infected cells do not express the replication complex, this specific machinery can be used to target virus-infected cells without affecting healthy cells.We show that this approach can be successfully applied in both replicon-harboring cells (genotype 1b) and JFH-1 infected cells (genotype 2a) : nrRNAs induced a strong decrease in genomic RNA and viral protein NS5A. These effects were correlated with a strong activation of several interferon stimulated genes.We also verify the harmlessness of the system in uninfected cells by transfecting a RicinA nrRNA. The replication and translation of this nrRNA lead to the cell death by ribosomes inactivation. But nothing occurs in non?infected cells, showing that nrRNA are neither replicated nor translated in absence of the HCV replication complex.The vectorisation of nrRNa was also developed by the use of modified lentivirale particles. We now test the efficient replication and translation of nRNAs in a murin model by using hydrodynamic transfection or the lentiviral delivery of nrRNAs
Caractérisation de l'interaction des protéines IMA/MIF2 et CSN5 au niveau moléculaire et physiologique by Julie Leblond-Castaing( file )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Plants have the ability to form new organs as a result of indeterminate growth ensured by specific regions of pluripotent cells, called meristems. Flowers are produced by the activity of floral meristems which differ from vegetative meristems in their determinate fate. The INHIBITOR OF MERISTEM ACTIVITY (IMA) gene encoding a Mini Zinc Finger (MIF) protein from tomato (Solanum lycopersicum) regulates the processes of flower and ovule development. IMA inhibits cell proliferation during floral termination, controls the number of carpels during floral development and acts as a repressor of the meristem organizing centre gene WUSCHEL (Sicard et al., 2008). We demonstrated that IMA and its Arabidopsis ortholog MIF2 is also involved in a multiple hormonal signalling pathway, as a putative conserved feature for plant MIF proteins (Hu and Ma, 2006). Alike Arabidopsis MIF1, IMA/MIF2 regulates negatively BR, auxin, cytokinin and gibberellin signalling and positively ABA signaling. Using yeast two-hybrid screening experiments, we identified a strong protein-protein interaction between IMA and the signalosome subunit 5 (CSN5). Interestingly the csn5 mutant in Arabidopsis displays pleiotropic developmental defects such as a bushy phenotype originating from the loss of apical dominance and the alteration in sensitivity to darkness and auxin signals. These phenotypes are strikingly similar to what was described for Arabidopsis MIF1 (Hu and Ma, 2006) and tomato IMA overexpressors plants (Sicard et al., 2008), respectively. Taken together our data strongly suggest that IMA may act as an inhibitor of CSN function through its physical interaction with SlCSN5. The observed converse effects of IMA/MIF2 overexpression or deregulation on plant development and the abundance of developmental marker genes further support the notion of a CSN inhibitory control, since the COP9 signalosome through the specific deneddylation activity of the CSN5 subunit regulates plant hormone signalling
Etude de l'assemblage du système d'efflux membranaire MexAB-OprM impliqué dans la résistance aux antibiotiques chez Pseudomonas aeruginosa caractérisation combinée par Microbalance à cristal de quartz avec mesure de dissipation et cryo-tomographie électronique by Sylvain Trépout( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
The structure determination of membrane protein in lipid environment can be carried out using cryo electron microscopy combined with the recent development of data collection and image processing. We describe a protocol to study assemblies or stacks of membrane protein reconstitued into a lipid membrane using both cryo electron tomography and single particle analysis which is an alternative approach to electron crystallography for solving 3D structure. We show the organization of the successive layers of OprM molecules revealing the protein-protein interactions between OprM molecules of two successive lipid bilayers
Structure et dynamique fonctionnelle du domaine transmembranaire de la protéine SNARE VAMP2 lors de l'exocytose by Benoit Hastoy( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Le maintien de l'homéostasie passe notamment par la sécrétion d'hormones provenant des cellules neuro-endocrines ou endocrines telles que les cellules chromaffines ou les cellules b pancréatiques. Par exemple, la régulation de la glycémie nécessite l'exocytose de l'insuline depuis les cellules b pancréatiques des îlots de Langerhans. Une famille de protéines membranaires est au cœur de la machinerie de fusion d'une vésicule avec la membrane plasmique. Ce groupe appelé, la famille des protéines SNARE est composé de trois protéines. VAMP2 est localisée à la membrane vésiculaire alors que syntaxine 1A et SNAP25 sont localisées à la membrane plasmique. Syntaxine 1A et VAMP2 ont un domaine transmembranaire alors que SNAP25 est reliée à la membrane par prénylation de résidus cystéine. Cette famille forme le complexe cytosolique SNARE décrit comme essentiel à l'exocytose. La structure et la fonction du complexe cytosolique ont été étudiées en profondeur et ont mené au modèle du "zipper". Celui-ci décrit un enroulement progressif des domaines cytosoliques SNARE permettant l'apposition des membranes puis la fusion. Le rôle des domaines transmembranaires reste encore peu décrit. Pourtant, leur étude est nécessaire afin d'établir un modèle complet de la fusion membranaire par les protéines SNARE. Nous avons donc mené une étude alliant une analyse structurale dynamique à une analyse biologique pour déterminer l'importance du domaine transmembranaire de VAMP2 dans la sécrétion. L'analyse biologique représente donc le centre de ma thèse. Le système biologique utilisé est basé sur l'extinction de l'expression de la protéine VAMP2 endogène et l'expression concomitante d'une protéine VAMP2 mutée dans son domaine transmembranaire. Deux lignées cellulaires considérées comme des modèles dans l'étude de la sécrétion hormonale et du trafic vésiculaire ont servi de support à notre étude. Par des approches de microscopies (confocal, TIRF) et d'analyses biochimiques, nous avons observé les conséquences fonctionnelles des mutations ponctuelles, établis par mutagénèse dirigée, sur le trafic vésiculaire et sur la capacité des cellules à sécréter.Les mutations induites présentent différents effets cellulaires. Certaines bloquent la sortie de VAMP2 du réseau golgien alors que d'autres ont un effet important sur la sécrétion hormonale et plus précisément sur l'exocytose. Les études structurales ont permis de corréler ces effets avec une diminution de la flexibilité structurale dans le cas de la diminution de l'exocytose, ou avec une restriction à la conformation hélice alpha dans le cas du sorting. Ce projet pluridisciplinaire a pu mettre en avant le rôle biologique du domaine transmembranaire de VAMP2 au cours de l'exocytose probablement soutenue par la dynamique conformationelle unique observée par le versant structural du projet
Déterminisme nutritionnel et génétique de la teneur en lipides musculaires chez la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) étude par analyse de l'expression de gènes candidats, du protéome et du transcriptome du foie et du muscle by Catherine-Inès Kolditz( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
Ce travail de thèse a eu pour objectif d'identifier les mécanismes majeurs intervenant dans la régulation de l'adiposité musculaire chez la truite arc-en-ciel. Pour cela, nous avons analysé les effets combinés de la sélection génétique et de l'alimentation, facteurs prépondérants de variation de l'adiposité. Deux lignées de truites arc-en-ciel sélectionnées sur la teneur en lipides du muscle dorsal ("muscle gras" et "muscle maigre"), ont été nourries pendant 6 mois avec un régime contenant 10 ou 23% de lipides (% de la matière sèche). Nous avons mesuré l'activité et/ou l'expression d'enzymes clé des principales voies métaboliques intervenant dans l'utilisation de l'énergie, puis développé une analyse différentielle globale à l'échelle du transcriptome (microarray nylon) et du protéome (électrophorèse bidimensionnelle). Ces analyses portent sur le muscle blanc, tissu cible de la sélection, et le foie, carrefour métabolique et site majeur de la lipogenèse chez les poissons. Les résultats obtenus confirment l'effet inhibiteur d'un apport alimentaire riche en lipides sur la lipogénèse et la désaturation des acides gras dans le foie, déjà observé chez des individus de plus grande taille, et fournissent de nouvelles connaissances sur l'effet exercé sur les autres voies, en particulier la protéolyse. Ces analyses ont également permis de mettre en évidence des différences métaboliques existant entre lignées, qui concernent non seulement le métabolisme des lipides mais aussi celui des autres substrats énergétiques. Il apparaît que les deux moyens utilisé pour augmenter la teneur en lipides du muscle mettent en jeu des mécanismes moléculaires différents. Nos travaux ont permis d'identifier deux gènes dont l'expression est augmentée dans le muscle en réponse à un apport alimentaire riche en lipides et par la sélection génétique en faveur d'un indice d'adiposité musculaire élevé, et qui pourraient être des marqueurs moléculaires de l'adiposité musculaire
 
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