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École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)

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Works: 214 works in 221 publications in 1 language and 221 library holdings
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Publications about École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Publications by École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Most widely held works by École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Bordeaux)
Comportement de Scaphoideus titanus, conséquences spatiales et démographiques by Julien Chuche( Book )
3 editions published in 2010 in French and held by 3 libraries worldwide
La Flavescence dorée est une maladie à phytoplasme incurable qui affecte la vigne. Cette pathologie est uniquement transmise de plante à plante par la cicadelle vectrice Scaphoideus titanus. Malgré l'importance de cette maladie, peu d'études ont été menées sur le vecteur. Ce travail de thèse vise à apporter des connaissances sur la biologie et l'écologie de S. titanus mais aussi de manière plus générale sur l'écologie des insectes phytophages. Trois grands thèmes ont été abordés dans ce mémoire : i) les relations entre l'insecte et son environnement à travers l'influence des températures hivernales sur les œufs en diapause, ii) les relations de l'insecte avec sa plante hôte en examinant l'attractivité de cette dernière et le comportement alimentaire du vecteur, iii) les interactions entre congénères par l'étude du comportement d'agrégation des larves. Les résultats obtenus indiquent que 1) des températures froides ne sont pas indispensables à la levée de diapause mais affectent la protandrie en régulant le sex-ratio opérationnel, 2) l'attractivité de la plante hôte est en grande partie liée à sa couleur et il existe des différences de comportement en fonction du stade de développement, 3) les mâles et les femelles n'ont pas le même comportement alimentaire, ce qui pourrait expliquer leur différentes capacités de vection, 4) l'agrégation des larves ne semble pas due à un recrutement actif de leur part et pourrait contribuer à un transfert horizontal de phytoplasme d'insecte à insecte via la plante. A terme, ces connaissances pourront contribuer à l'élaboration de pistes alternatives à la lutte chimique actuelle contre cette cicadelle dans le cadre d'une réduction des intrants
Recherches sur les bases moléculaires de la saveur sucrée des vins secs approches analytique et sensorielle by Axel Marchal( file )
2 editions published in 2010 in French and held by 2 libraries worldwide
Localisation et caractérisation des tannins dans la pellicule du raisin impact de l'organisation physico-chimique des parois cellulaires sur la composante tannique, la qualité du fruit et la typicité des raisins de Bordeaux by Soizic Lacampagne( Computer File )
2 editions published in 2010 in French and held by 2 libraries worldwide
Skin grape maturation is a complex phenomenon, characterized by an important number of structural changes as well as by phenolic compounds accumulation (i.e. tannins). Despite their biological and organoleptic properties in fruit and wine quality, few studies report both tannins organization and localization in skin tissue. In skins, tannins may be more or less related with cellular components, modulating their extractability during winemaking process.Our work, based on biochemical, molecular and microscopic approaches reveals new data on skin tannins biosynthesis, localization and organization. Within this tissue, we highlighted the parietal tannins importance, we evidenced that their physicochemical characteristics depend among other structural changes on cell walls. Thus, this organization partially characterized the skin texture and affects fruit quality. To understand the evolution criteria for skin texture during grape berry ripening, sensory analysis and measurements by penetrometer proved to be relevant tools
Incidence de l'oxydation des composés phénoliques sur la composante aromatique des vins blancs by Maria Nikolantonaki( Computer File )
2 editions published in 2010 in French and held by 2 libraries worldwide
Les réactions d'oxydation impliquant les composés phénoliques semblent induire des modifications non négligeables du profil chimique et sensoriel des vins. Les travaux concernent l'étude des mécanismes réactionnels impliquant certains thiols volatils, contributeurs de l'arôme distinctif et de la complexité des vins des différents cépages avec les composés phénoliques oxydés des vins blancs, principalement les flavan-3-ols. En solution modèle de composition proche du vin, une réactivité différente des thiols volatils selon leur nature chimique vis à vis des formes oxydées des flavan-3-ols a été établie. La synthèse et la caractérisation des adduits par RMN entre les principaux composés phénoliques des moûts et des vins blancs et le 3-sulfanylhexanol, présentant des nuances d'agrumes, a ensuite été réalisée en conditions d'oxydation chimique et enzymatique. La suivi cinétique de la formation des adduits par CLHP-ESI-SM a permis de mettre en évidence une réactivité du thiol spécifique vis à vis d'un substrat polyphénolique, d'établir le rôle catalytique des métaux (Fe2+) et la capacité antioxydante du dioxyde de soufre vis à vis de ces mécanismes réactionnels. La compréhension de mécanismes fondamentaux de la réactivité de la (+)-catéchine et de la (-)-épicatéchine en conditions œnologiques avec les thiols volatils nous a permis de décliner les travaux à l'étude de l'influence de la présence des flavan-3-ols au cours de la vinification et de l'élevage des vins sur ces composants de l'arôme des vins blancs
Caractérisation phénotypique de l'espèce Torulaspora delbrueckii en conditions œnologiques. Application à la co-inoculation avec l'espèce Saccharomyces cerevisiae by Philippe-Emmanuel Renault( Computer File )
2 editions published in 2010 in French and held by 2 libraries worldwide
La caractérisation phénotypique de l'espèce Torulaspora delbrueckii en conditions œnologiques, à partir de l'étude d'un grand nombre de souches, a permis de mettre en évidence une grande variabilité au sein de cette espèce. En effet, les souches de T.delbrueckii présentent des différences au niveau des durées de phase de latence et de fermentation, des capacités biotiques mais aussi des productions d'éthanol (maximum 12% vol.). Cette variabilité se retrouve également pour la production d'acidité volatile, de glycérol et de certains arômes. Ce travail confirme les faibles productions d'acidité volatile et de glycérol de cette espèce et met en évidence une réponse au stress osmotique différente de celle de l'espèce Saccharomyces cerevisiae. Au final, l'espèce T. delbrueckii présente une grande "pureté" de fermentation et produit peu de composés indésirables comme le sulfure d'hydrogène, les phénols volatils, l'acetoïne, l'acétaldéhyde et le diacétyle. La réalisation de co-inoculations T. delbrueckii / S. cerevisiae sur moûts liquoreux, permet une réduction systématique de l'acidité volatile des vins, en comparaison à une fermentation pure de l'espèce S. cerevisiae, quelque soit la souche de T. delbrueckii utilisée. De plus, la souche T. delbrueckii OXT1 1//2 a permis de complexifier la composition aromatique d'un moût sec issu du cépage Sauvignon blanc (esters fermentaires +25%, phényl-2-éthanol +51% et thiols volatils +31%). Enfin, la mise au point d'un fermenteur à double compartiment, avec une séparation physique des levures tout en conservant l'homogénéité du milieu de culture, a permis d'aborder l'étude des interactions entre ces 2 espèces. Des inhibitions de type "cell-cell contact" ont ainsi été mises en évidence
Etude de l'atténuation scanographique de la paroi bronchique dans l'imagerie de l'inflammation et du remodelage des voies aériennes by Mathieu Lederlin( Book )
2 editions published in 2011 in French and held by 2 libraries worldwide
Asthma and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are frequent conditions characterized by two main pathological changes: bronchial inflammation and remodelling. Pathological examination requires invasive biopsy, which is rarely performed in routine. Therefore there is a great interest in developing non-invasive methods that would lead to more precise phenotyping of patients and the development of new targeted treatments. Computed tomography (CT) can provide a quantitative morphometry-based analysis of the airways. These morphometric parameters have been shown to correlate with functional obstruction but are poorly used in routine practice due to their lack of standardisation. The aim of our studies was to investigate the value of CT attenuation-based parameters in humans and animals. In asthma and COPD, we have shown that the wall attenuation value had diagnostic performances comparable to those of morphometric parameters, correlated better with functional obstructive indexes, and could be a marker of remodelling in asthma. In asthmatic mice, peribronchial attenuation values extracted from respiratory-gated micro-CT images correlate with remodeling. Therefore, the concept of bronchial wall attenuation seems to be promising for assessing non-invasively airways remodeling. Further studies are required to ensure the full reproducibility of these methods
Développement d'un nouveau marqueur de transgénèse pour la transformation de nématodes by Rosina Giordano-Santini( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
La construction d'animaux transgéniques est une technique clef qui a permis l'étude de nombreux aspects de la biologie du nématode Caenorhabditis elegans. Les animaux transgéniques peuvent être construits soit en injectant l'ADN exogène dans les gonades syncitiales de l'hermaphrodite adulte, soit en bombardant une population de vers avec des microbilles enrobées d'ADN. Dans les deux cas, l'utilisation de marqueurs génétiques est indispensable pour l'identification des individus transgéniques et la maintenance des lignées. Nous avons développé un vecteur d'expression pour les nématodes contenant le gène de résistance à la néomycine (neo), qui fonctionne comme marqueur génétique. Le gène neo confère la résistance au G-418, un antibiotique qui inhibe la synthèse de protéines chez les eucaryotes et qui est létal pour les nématodes sauvages. Nous avons montré que le marqueur neo est un marqueur génétique très puissant qui permet l'identification rapide des animaux transgéniques et qui permet l'enrichissement des populations transgéniques en présence de l'antibiotique, facilitant ainsi la maintenance des lignées. Ce système ne nécessite aucun contexte génétique particulier pour fonctionner et est donc compatible avec des lignées receveuses mutantes, ainsi que des lignées transgéniques ayant été transformées avec d'autres marqueurs génétiques. De plus, le gène neo est sous le contrôle du promoteur du gène de C. elegans rps-27, codant pour une protéine ribosomale dont la séquence est hautement conservée entre les nématodes. Nous avons utilisé ce gène comme marqueur génétique pour la transgénèse de l'espèce Caenorhabditis briggsae, ce qui suggère que le système neo pourrait aussi être utilisé pour d'autres espèces de la famille Caenorhabditis. Finalement, nous avons aussi montré que le système neo peut être utilisé dans le contexte des techniques d'ingénierie génétique basées sur le transposon Mos1. En conclusion, la sélection en présence de G-418 offre des nouvelles possibilités d'expériences pour la transgénèse de C. elegans et d'autres espèces proches. Les avantages du système neo devraient ainsi contribuer à développer des techniques de transgénèse du ver plus flexibles et efficaces
Rôle de la Transcortine (CBG) dans la variabilité des réponses de stress by Amandine Minni( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Une grande diversité dans la réponse adaptative au stress est observée entre les individus favorisant une sensibilité variable face aux stresseurs et pouvant conduire à une vulnérabilité à développer divers troubles et pathologies. Cette diversité est sous tendue par les caractéristiques propres de chaque individu, déterminées par le patrimoine génétique en interaction avec les facteurs environnementaux. Des études génétiques menées au laboratoire ont permis de placer le gène de la Cbg comme un candidat important influençant les réponses de stress. L'équipe a alors développé un modèle de souris déficiente pour le gène Cbg (k.o. total). La CBG est une glycoprotéine plasmatique responsable de la biodisponibilité et du transport jusqu'à leur cible des glucocorticoïdes, produits finaux de l'axe corticotrope. A l'aide de ce modèle original, l'objectif de mon travail de thèse a été d'étudier les conséquences fonctionnelles de la déficience en CBG sur les réponses de stress. Nous avons ainsi analysé l'activité et la réactivité de l'axe corticotrope ainsi que les comportements émotionnels des mâles et des femelles k.o. Cbg dans des conditions de repos, de stress aigu et dans un contexte mimant l'effet d'un style de vie occidentale (modélisé par une alimentation enrichie en gras, associée à un stress chronique). Nous présentons ainsi un modèle murin unique d'hypo-réponse des glucocorticoïdes au stress associé à une réponse comportementale adaptative ralentie au niveau émotionnel et cognitif. L'ensemble de ces travaux contribue à placer la CBG et son gène comme acteur majeur de la variabilité individuelle des réponses de stress
Etude de l'assemblage du système d'efflux membranaire MexAB-OprM impliqué dans la résistance aux antibiotiques chez Pseudomonas aeruginosa caractérisation combinée par Microbalance à cristal de quartz avec mesure de dissipation et cryo-tomographie électronique by Sylvain Trépout( Computer File )
1 edition published in 2008 in French and held by 1 library worldwide
Pseudomonas aeruginosa est une bactérie Gram-négative qui présente une grande résistance aux antibiotiques, lui permettant de sévir dans le milieu hospitalier en infectant plus particulièrement les patients immunodéprimés. Cette résistance est principalement due au système d'efflux membranaire MexAB-OprM, capable d'exporter les antibiotiques en dehors de la cellule. Cette pompe à efflux est composée de trois protéines, MexA, MexB et OprM, incorporées dans les membranes internes et externes de la paroi bactérienne. Les structures de MexA, OprM et AcrB -une protéine présente chez E. coli, homologue de MexB- ont été déterminées individuellement par cristallographie des rayons X. Cependant, la structure du complexe entier, regroupant les trois protéines en interaction, ainsi que le mécanisme de cette pompe font toujours défaut. Le renforcement de nos connaissances structurales et fonctionnelles est donc capital pour lutter plus efficacement contre ces bactéries, par de nouvelles stratégies médicamenteuses. Ce travail porte sur l'étude de la structure et de la stœchiométrie de l'assemblage des protéines OprM et MexA au sein d'une membrane lipidique. La caractérisation du complexe OprM/MexA a été réalisée à l'aide de nouvelles techniques de caractérisation physico-chimique des surfaces, telle que la Microbalance à Cristal de Quartz avec Mesure de Dissipation (QCM-D), et par des méthodes d'imagerie, telles que la Cryo-Microscopie Electronique en Transmission (CryoMET) et la Cryo-Tomographie Electronique (CryoTE). En QCM-D, les mesures d'interaction entre OprM et MexA ont été réalisées sur support solide en contrôlant l'orientation d'OprM placée dans un environnement lipidique. Après ajout de la protéine MexA, la formation de complexes OprM/MexA a été mise évidence. Pour comprendre l'organisation de ce complexe, nous avons procédé à une étude comparative de l'organisation des protéines OprM, MexA et du complexe OprM/MexA incorporés dans une membrane lipidique, par CryoMET. Trois types d'organisation, respectivement spécifiques d'OprM, de MexA et du complexe OprM/MexA, ont été mis en évidence. Une analyse structurale de ces trois différents assemblages, pris en sandwich entre deux membranes lipidiques, a été menée par CryoTE. La reconstitution de la protéine OprM conduit à la formation de protéoliposomes, dû à des interactions intervenant entre les protéines OprM au niveau de leurs hélices périplasmiques. La protéine MexA s'organise sous forme d'une structure annulaire de 13 nm de hauteur au sein des membranes lipidiques, et d'une structure plus complexe de 26 nm de hauteur, résultant de l'empilement tête-bêche de deux structures annulaires de 13 nm. Ce travail révèle les dimensions exactes de l'assemblage formé par MexA, et permet de localiser à proximité des membranes les domaines non résolus dans la structure cristallographique. La reconstitution du complexe OprM/MexA révèle une disposition régulière des deux protéines dans les membranes lipidiques. Au sein des complexes, les protéines OprM sont présentes sous forme de trimères. Dans la membrane opposée, à l'aplomb d'une molécule d'OprM, MexA ne forme pas une structure annulaire similaire à celle décrite précédemment, indiquant un état d'oligomérisation différent de celui observé dans les assemblages MexA. Les densités de MexA sont compatibles avec la présence de quelques molécules de MexA. Cependant des structures annulaires de MexA, positionnées à l'aplomb de trois trimères d'OprM sont visibles. Notre étude montre que MexA adopte des structures oligomériques spécifiques en fonction de ses interactions avec les membranes lipidiques ou avec son partenaire OprM
Étude des paramètres affectant le transfert d'oxygène dans les vins by Igor Chiciuc( Computer File )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
Micro-oxygenation of the wines, by the dispersion of oxygen bubbles, is a practice increasingly used in oenology. This technique is not always suitably controlled for lack of scientific knowledge on the parameters governing the transfer of oxygen. Research was focused on the study of transfer coefficients in function of wine components (CO2, ethanol, sucrose, consuming oxygen) and of operating conditions (type of diffuser, temperature, relationship between height and diameter of the container of liquid). The results show that during micro-oxygenation, the dissolved carbon dioxide and the sucrose have a negative incidence on the transfer whereas the presence of ethanol improves the transfer. As operating conditions are concerned, the increase in gas output and the increase in micro-oxygenation tank height/diameter ratio positively influence oxygen transfer. For wines, the specific surface of the bubbles and the mass transfer coefficient could be dissociated. The surfactant nature of wine components seems to be the most important factor in mass transfer. The knowledge so acquired was applied to micro-oxygenation during two stages of wine making: alcoholic fermentation with the oxygen yield control and the simulation of ageing technique in barrels coupled with the wood chips addition. A new approach relates to the study of a membrane contactor application allowing the oxygen transfer by diffusion
Souffrance hypoxique-ischémique périnatale. Evaluations neuroradiologique et immunohistochimique précoces sur le modèle animal d'Ischémie-Hypoxie de Vannucci-Rice. Etude de la valeur pronostique de l'IRM (incluant l'étude de la Fraction d'Anisotropie) et de la Spectroscopie par Résonance Magnétique, à l'âge de 6 mois, chez des enfants ayant présenté une asphyxie périnatale etude BIGHIN by Olivier Brissaud( Computer File )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
Le handicap ou les décès en rapport avec l'asphyxie périnatale dans les pays développés correspondent à 0,2 à 1,3/1000 naissances vivantes. L'évaluation clinique et l'IRM conventionnelle permettent de distinguer les formes modérées des formes graves d'Encéphalopathies Hypoxiques Ischémiques (EHI). Le pronostic des EHI modérées reste difficile à préciser. L'imagerie des tenseurs de diffusion (DTI) mesure la diffusion de l'eau dans les tissus cérébraux et les paramètres quantitatifs tels que la Fraction d'Anisotropie et le Coefficient Apparent de Diffusion de l'eau (ADC) reflètent les propriétés microstructurales tissulaires. Nous avons mené une étude clinique et une étude expérimentale. L'objectif de l'étude clinique était d'évaluer les paramètres d'IRM, de SRM et de DTI chez les nouveau-nés asphyxiques à terme. Nous avons montré que l'IRM (y compris la diffusion conventionnelle) et les ratios du Lactate en SRM sont des outils intéressants pour l'évaluation neurologique précoce de ces nouveau-nés. Les paramètres de DTI (FA et ADC) dans des zones spécifiques cérébrales (capsules internes, pédoncules cérébraux, putamen/pallidum) sont fortement corrélés avec l'évolution neurologique précoce (J8) et à 6 mois, reflétant de possibles différences dans les mécanismes physiopathologiques impliqués. Des études sont nécessaires pour évaluer à long terme la valeur pronostique de ces paramètres. L'objectif de l'étude expérimentale était d'évaluer les effets à court terme de l'érythropoïétine (Epo) sur les lésions cérébrales en imagerie de diffusion et l'expression de l'aquaporine-4 en immunohistochimie dans un modèle HI de rat nouveau-né. L'effet protecteur potentiel de l'Epo humaine recombinante sur les ratons a été étudié. L'Epo a un effet neuroprotecteur précocement dans notre modèle (réduction de la surface de l'accident vasculaire cérébral AVC, augmentation de la valeur d'ADC dans l'AVC chez les rats traités), éventuellement grâce à une "up-régulation" de l'expression de l'aquaporine-4. Un mécanisme possible de la diminution de l'œdème cérébral pourrait être une meilleure élimination de l''excès d'eau des tissus cérébraux vers la circulation sanguine via l'aquaporine-4
Rôle de ERK dans l'activation des osmorécepteurs hypothalamiques by Julien Dine( Computer File )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
The release of the anti-diuretic hormone vasopressin into the general circulation varies as a function of plasma osmolality and therefore plays a major role in systemic osmoregulation. It is primarily determined by the firing rate of the hypothalamic magnocellular neurons (MNCs). The regulation of MNC firing rate during changes in systemic osmolality involves the concerted modulation of intrinsic mechanosensitive ion channels in these neurons, as well as excitatory glutamatergic inputs derived from osmosensitive forebrain regions. Extracellular signal-Regulated protein Kinases (ERK) are mitogen-activated protein kinases that transduce extracellular stimuli into intracellular post-translational and transcriptional responses, which include changes in intrinsic neuronal properties and synaptic function. In the present work, we investigated whether ERK activation (i.e. phosphorylation) plays a role in the functioning of osmoregulatory networks. First, we found that within 10 minutes of intraperitoneal injections of hypertonic saline (3M, 6M), many phosphoERK-immunopositive neurons were observed within osmosensitive forebrain regions including suparoptic and paraventricular nuclei, subfornical organ, median preoptic nucleus and Organum vasculosum lamina terminalis (OVLT), but not in a control region such as the thalamic stria medullaris. This staining was intensity dependent and was reduced 30 minutes after the stimulus. In the supraoptic nucleus, it predominated in vasopressin neurons compared to oxytocin neurons. Western blotting experiments confirmed that ERK phosphorylation in the supraoptic nucleus was intensity dependent. Inhibition of ERK phosphorylation by a MEK inhibitor reduced both the numbers of phosphoERK-immunopositive neurons and Fos expressing neurons, a measure of neuronal activation after hypertonic stimuli. Inhibition of ERK phosphorylation also decreased the membrane depolarization, the increase in firing frequency and the increase in excitatory and inhibitory synaptic potential amplitude that were osmotically-induced in both oxytocin and vasopressin supraoptic neurons recorded from adult acute hypothalamic slices. It also reduced the increase in mechanically-gated membrane cation conductance evoked by hypertonic stimuli in isolated MNC neurons. Altogether, these findings strongly suggest that ERK phosphorylation is a key step in the transduction and integration of osmotic stimuli into activity changes in osmosensitive hypothalamic neurons
Etude structure/fonction des récepteurs kaïnate et de leur modulation by Julien Veran( file )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Glutamate released at excitatory synapses acts on ligand-gated ionotropic receptors which fall into three classes: NMDA, AMPA and kainate receptors.At hippocampal mossy fiber synapses onto CA3 pyramidal cells, KARs are present both at the pre- and postsynaptic levels. Postsynaptic KARs are composed of the GluK2, GluK4 and GluK5 subunits, whereas presynaptic KARs are thought to comprise the GluK2 and GluK3 subunits. The functional properties of GluK3 (and GluK2/GluK3) receptors set it apart from the other ionotropic glutamate receptors. In particular, its sensitivity to glutamate is the lowest of all known ionotropic glutamate receptors, due in large part to fast desensitization of receptors with one or two bound glutamate molecules. The low agonist sensitivity of this receptor raises questions about its relevance for synaptic function. Therefore, it is possible that endogenous modulators may potentiate its function.Among potential endogenous modulators of KAR function, we chose to address the role of zinc, because of the large amounts contained in mossy fiber terminals. Zinc is thought to be accumulated into synaptic vesicles, and is co-released with glutamate in the extracellular milieu during neuronal activity. Zinc has been reported to inhibit most of native and recombinant KARs. Despite the proposed role of at hippocampal mossy fiber synapses, although modulation of GluK3-containing KARs by zinc has not yet been addressed.In this study, we show that zinc greatly potentiates recombinant GluK3 receptor currents evoked by glutamate. Zinc markedly slows receptor desensitization and increases apparent affinity for glutamate. Crystallographic studies and analysis of chimeric GluK2/GluK3 KARs and of GluK3 bearing selected point mutations, allowed us to identify the zinc binding domain defined by D759, H762, Q756 and D730, and localized in a region forming the interface between two GluK3 subunits in an LBD dimer assembly. Based on these structure-function studies and on modeling of KAR activity, we show that zinc plays a very distinct role on GluK3-KARs by stabilizing the interaction between dimers of LBD thereby reducing desensitization.Given the proposed localization of GluK3 close to zinc containing synaptic vesicles, zinc may be an endogenous allosteric modulator for native GluK3-KARs, and its binding site a new pharmacological target
Prise en charge du paludisme au niveau communautaire chez les enfants de moins de 5 ans evaluation de la mise en œuvre de la nouvelle politique nationale by Claude Arsène Ratsimbasoa( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
ContexteSi l'efficacité de la stratégie de prise en charge du paludisme au niveau communautaire n'est pas remise en cause à Madagascar, la mise en place de la nouvelle politique nationale incluant le remplacement de la chloroquine par la combinaison artésunate plus amodiaquine et l'introduction des tests de diagnostic rapide (TDR) dans la prise en charge des fièvres chez les enfants de moins de cinq ans suscite plusieurs inquiétudes. ObjectifsLe principal objectif de notre travail a été d'évaluer la stratégie de prise en charge des fièvres chez les enfants de moins de 5 ans au niveau communautaire. Pour évaluer la stratégie de prise en charge,trois objectifs spécifiques ont été abordés, à savoir, (i) l'étude de l'efficacité thérapeutique de la combinaison fixe "artesunate-amodiaquine" dans la prise en charge des fièvres chez les enfants de moins de 5 ans au niveau communautaire, (ii) l'évaluation des performances des tests de diagnostic rapide utilisés au niveau communautaire et (iii) la description de la situation épidémiologie du paludisme au niveau communautaire et l'évaluation de l'impact des stratégies de lutte actuellement mises en œuvre.MéthodologiesDeux études longitudinales ont été mises en place. La première étude (objectifs 1 & 2) a été conduite de février 2008 à février 2010 (24 mois) chez les enfants de moins de 5 ans en zone de transmission stable (district de Manakara) et en zone de transmission instable (district de Moramanga). La deuxième (objectif 3) s'est déroulée entre février 2009 et mars 2011 en zone de transmission stable (district de Manakara). Résultats & ConclusionObjectif 1 : les données obtenues lors de notre étude, nous permettent d'affirmer l'excellente efficacité thérapeutique de la combinaison fixe "artesunate-amodiaquine". Nous avons observé que le taux de guérison clinique global était de 98,4% au bout de 28 jours et 97,9% au bout de 42 jours. La compliance au traitement a été estimée à 83,4%. Aucun effet indésirable grave n'a été observé. : Objectif 2 : Cette étude a permis de confirmer que les performances diagnostiques des agents de santé communautaire utilisant les TDR en termes de sensibilité, spécificité, VPP et VPN étaient supérieures à 85%, que la concordance entre les résultats de la microscopie et des TDRs, estimée par la valeur Kappa était excellente (83%) et que les TDR étaient stable même conservés au niveau communautaire. L'introduction des TDR au niveau communautaire semble être une stratégie efficace pour améliorer la prise en charge des malades fébriles, pour réduire la surconsommation d'antipaludiques (et donc le coût des traitements inutilement utilisés) et pour réduire la pression de sélection exercée par cette surconsommation. Objectif 3 : Nous avons pu démontrer que les mesures de prévention et de traitement prises au niveau communautaire étaient efficaces avec la mesure objective de la réduction de la prévalence du paludisme. Nous avons également mis en évidence une variation importante de la prévalence du paludisme inter-villages dans une même commune de quelques kilomètres carrés, suggérant des interventions ciblées en fonction des risques liés à la situation géographique, agricole, et climatique. Ce travail a permis de proposer une première approche méthodologique qu'il serait souhaitable d'étendre pour collecter les données de prévalence et d'incidence dans les autres communes, et préciser ainsi les besoins ciblés en TDR et ACTs à Madagascar
La chromatographie en mode mixte pour la purification de protéines recombinantes à visée santé caractérisation des interactions impliquées dans les supports de chromatographie HyperCel®, modélisation et applications. by Jérôme Pezzini( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Mixed mode chromatography is the most innovative technique for bioseparation. Mixed mode resins, as the term suggest, involves multiples types of interaction at the same time. HyperCel mixed mode resins, HEA, PPA and MEP, involve aliphatic, aromatic or thiophilic groups as well as protonable amine located in the spacer arm or as a head group. Using classical chromatographic experiments, standards proteins and complex mixtures, we highlighted the two major types of interactions involved: hydrophobic and electrostatic interactions. We specifically influenced these interactions by modifying the environment in terms of ionic strength, pH, salt types, and other compounds. The combination of these interactions during every phase of a chromatographic process has been demonstrated. Mixed mode resins thus offer unique selectivity that can be controlled by the environment. This allowed us to develop several applications from antibodies fragments capture from insect cells, to the purification of MBP-tagged proteins, through monoclonal antibody capture from CHO cells. We thus enhanced mixed mode chromatography
Identification et caractérisation d'une protéine comme inhibiteur général de la transcription réalisée par l'ARN Polymérase III humaine by Pauline Perreau-Morillon( file )
1 edition published in 2009 in French and held by 1 library worldwide
Caractérisation génomique et développement d'outils de construction de clones infectieux pour l'étude de flexivirus by Fater Youssef( Computer File )
1 edition published in 2010 in French and held by 1 library worldwide
The Flexiviridae family was created in 2004 and contains several viral genera affecting in particular woody hosts, including fruit trees. Using various strategies several new Flexiviridae have been partially characterized in the past few years. However, due to difficulties inherent in studying these agents, the precise taxonomic position of some of them and their contribution to particular diseases are still uncertain. In the present work, the complete genomic sequences of four Prunus-infecting Apricot latent virus (ApLV) like isolates have been determined. This has allowed to determine the genomic organization and the taxonomic position of these viruses. The results obtained also indicate that the C-terminal half of the coat protein and the TGBp1 are the genomic regions under the strongest purifying selection pressure. In the second part of this work, a set of approaches to simplify and streamline the construction of cloned or uncloned infectious full-length viral cDNAs were developed. working with several Flexiviridae and, in particular, with the Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), we have developed protocols allowing the one-step amplification from total nucleic acids extracts of full-length cDNAs. under the control of the CaMV 35S or phage T7 RNA polymerase promoters. Successful inoculation of plants with these uncloned amplification products was obtained by biolistic bombardment (35S promoter) or using in vitro synthesized RNA transcripts (T7 promoter). Results obtained showed significant differences in the behavior of the two ACLSV hosts, Chenopodium quinoa and Nicotiana occidentalis 37B. We also used the yeast homologous recombination system for the efficient cloning of full-length cDNAs and for the simultaneous one-step construction of a ternary yeast-E. coli-Agrobacterium tumefaciens shuttle vector and generation of an agroinfiltrable infectious ACLSV construct. These various strategies should find broad applications, in particular for the validation of etiological hypotheses in the case of "difficult" plant viruses, such as those infecting woody hosts
Développement de nouvelles méthodes moléculaires pour le typage et l'étude de la sensibilité aux antibiotiques de C. trachomatis by Olivia Peuchant( file )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Chlamydia trachomatis is an obligate intracellular bacterium, divided into 19 serovars, among which serovars D-K are responsible for oculo-genital infections and serovars L of lymphogranuloma venereum (LGV). In France, C. trachomatis is the main bacterial cause of sexually transmitted diseases (STI). Molecular methods are the methods of choice for the C. trachomatis detection and epidemiology. Through their use, it has been shown that the prevalence of C. trachomatis infection rise up to 1.5% in the general population, to 3.6% for sexually experienced women aged 18-24 and to 10-15% in STI medical settings. As no data were available for pregnant women, we conducted a clinical research study (MATIST) in pregnant women at the Bordeaux University hospital. The prevalence of C. trachomatis, M. genitalium and N. gonorrhoeae infections was 2.5%, 0.8% and 0%, respectively. In women under 24 years, the prevalence of C. trachomatis, and M. genitalium infections was 7.9% and 2.4%, respectively. Understanding the epidemiology and the spread of C. trachomatis infection requires the development of efficient typing techniques knowing that a single serovar, serovar E, is found in nearly half the cases. We developed a MLVA (MultiLocus Variable-Number of Tandem Repeat Analysis) method which analyzes the genome polymorphism associated to tandem repeats and allowed intra-serovar subtyping. Five VNTRs were identified. The automated method was applied on 220 C. trachomatis genovar E clinical specimens and isolates, yielding 25 MLVA types. All anorectal isolates from men who have sex with men exhibited the same MLVA type, suggesting clonal spread. In the same way, we confirmed the clonal origin of the Swedish new variant of C. trachomatis. MLVA appears to be a good tool for molecular typing, with a higher discriminatory power than those of other methods used for comparison. Since 2003, a LGV proctitis outbreak caused by the new variant L2b has been reported in Europe in men who have had sex with HIV-positive men. We reported the first case of C. trachomatis L2b proctitis diagnosed in a woman. Finally, we developed a real-time PCR method allowing an objective determination of minimum inhibitory concentration of antibiotics for C. trachomatis. Our results also showed that all antibiotics studied only had bacteriostatic activity on C. trachomatis
Quadruplexes de guanines formation, stabilité et interaction by Phong Lan Thao Tran( Computer File )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Les quadruplexes de guanines (G4) sont des structures non canonique d'acides nucléiques à quatre brins formées à partir de séquences ADN ou ARN riches en guanines. Ces structures reposant sur la formation et l'empilement de quartets de guanines sont très polymorphes, leur formation pourrait être envisagé dans de nombreux domaines d'application, aussi bien pour les biotechnologies que les nanotechnologies. L'étude de G4 tétramoléculaires modifiés présentée dans ce manuscrit a participé à la compréhension du mécanisme d'association de ces complexes. En particulier, nous avons montré que l'insertion de 8-méthyle-2'-déoxyguanosine à l'extrémité 5' de la séquence favorise l'association et la stabilité du G4. Par ailleurs, l'étude de l'ADN en série L (image de l'ADN naturel dans un miroir) a montré la formation d'un G4 tétramoléculaire avec les mêmes propriétés que son énantiomère, à l'exception de sa chiralité, qui est inversée. L'étude a révélé également une auto-exclusion de deux énantiomères (forme D et forme L) démontrant un assemblage contrôlé des brins parallèles. Ce travail de thèse a aussi permis d'introduire un système simple et stable de visualisation de G4 tétramoléculaire antiparallèle, appelé "ADN synaptique", sur une nanostructure d'ADN origami. In vivo, ces structures pourraient être impliquées de façon transitoire dans de nombreux processus biologiques, en particulier au niveau des télomères. Nous avons réalisé, au cours de cette thèse, une étude comparative de la structure et de la stabilité des séquences télomériques connues de différents organismes. Cette étude a permis d'enrichir les données nécessaires au développement d'un algorithme prédisant la stabilité de G4. Enfin, nous avons développé une méthode facile et peu coûteuse de criblage (G4-FID) sur plaques 96 puits permettant d'identifier l'interaction de ligands avec différentes séquences biologiques pertinentes. La stabilisation du G4 dans certaines régions du génome via des ligands spécifiques pourrait limiter la prolifération de cellules tumorales et est donc intéressante pour les thérapies anticancéreuses
Caractérisation de l'interaction des protéines IMA/MIF2 et CSN5 au niveau moléculaire et physiologique by Julie Leblond-Castaing( file )
1 edition published in 2011 in French and held by 1 library worldwide
Les plantes ont la capacité à former de nouveaux organes grâce à une croissance continue assurée par une réserve de cellules souches au sein de structures spécifiques, les méristèmes. Les méristèmes floraux diffèrent des méristèmes végétatifs par leur caractère déterminé aboutissant à la production des fleurs. Le gène IMA (INHIBITOR OF MERISTEM ACTIVITY) code une protéine contenant un motif "doigt à zinc" (MIF) régulant les processus développementaux de la fleur et des ovules chez la tomate. En effet, IMA inhibe la prolifération cellulaire au cours de la terminaison florale en agissant sur l'expression du gène WUSCHEL, responsable du maintien du pool de cellules souches et contrôle le nombre de carpelles (Sicard et al., 2008). De plus, les protéines IMA et son orthologue chez Arabidopsis, MIF2, modulent la réponse à certaines phytohormones. De manière identique à la protéine MIF1 (Hu and Ma, 2006), IMA/MIF2 régule négativement la réponse aux brassinostéroïdes, à l'auxine, aux cytokinines et aux gibbérellines mais positivement la réponse à l'acide abscissique suggérant une fonction commune des protéines MIF dans les voies de réponse aux phytohormones. Un criblage d'une banque d'ADNc par la technique de double hybride a permis de révéler l'interaction entre les protéines IMA/MIF2 et une sous-unité du complexe signalosome, CSN5. De façon intéressante, les plantes mutantes csn5 d'Arabidopsis montrent de nombreuses altérations phénotypiques telles qu'un aspect buissonnant résultant de la perte de la dominance apicale, et une altération de la réponse à l'obscurité et à l'auxine. Ces phénotypes sont fortement ressemblants aux phénotypes des plantes MIF1OE d'Arabidopsis (Hu and Ma, 2006) et des plantes IMAOE de tomate (Sicard et al., 2008). Les résultats obtenus au cours de ce projet montrent que la protéine IMA inhibe la fonction du complexe signalosome grâce à son interaction avec la protéine CSN5
 
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