Front cover image for Etudes des transcriptomes de Xenopus tropicalis au cours de la métamorphose

Etudes des transcriptomes de Xenopus tropicalis au cours de la métamorphose

La métamorphose des amphibiens est un ensemble de programmes développementaux complexes initiés par un signal unique, les hormones thyroïdiennes et ses récepteurs qui sont des facteurs de transcription. Ce processus implique de nombreux évènements cellulaires incluant l'apoptose ainsi que la prolifération et la différenciation cellulaire. Ainsi, la métamorphose des amphibiens est un modèle de choix pour étudier la fonction des hormones thyroïdiennes in vivo. De nombreuses études se sont concentrées sur les aspects physiologiques et morphologiques de la métamorphose, mais la régulation génétique permettant ces changements reste méconnue. Nous avons décidé d'étudier les modifications de l'expression génique par une approche de génomique utilisant des puces à ADN. Le modèle Xenopus laevis classiquement utilisé présente des désavantages dûs à son génome. Ainsi, le modèle proche Xenopus tropicalis a été préféré. Un répertoire de transcrits spécifiques du système nerveux chez Xenopus tropicalis a été constitué par construction et séquençage de banques d'ADN complémentaires. Ce répertoire de transcrits, combiné aux autres données de séquences a ensuite été utilisé pour construire une puce à ADN de type oligonucléotides longs représentant 2900 transcrits impliqués dans différents processus biologiques ou dont la fonction reste encore inconnue. Ce microréseau a été utilisé pour étudier les modifications des transcriptomes de trois organes (i.e. la queue, le foie et le système nerveux central) pendant la métamorphose. Les transcrits identifiés sont impliqués dans de nombreux processus biologiques comme la régulation de la transcription, la signalisation Wnt ou le cycle cellulaire. La comparaison de ces trois répertoires montre que ces transcrits sont régulés de manière ubiquitaire ou tissu spécifique. Nous avons ensuite utilisé la séquence du génome de X.tropicalis pour identifier des cibles directes des hormones thyroïdiennes parmi les transcrits régulés. Les données d'expression produites vont par ailleurs être utilisées pour inférer le réseau de régulation transcriptionnel qui est mis en place à la métamorphose
Thesis, Dissertation, French, 2007